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银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】同源膜建蛋白的一小部分

关于同源膜建的软件较多，网上免费也不少，但如何只做一个蛋白其中一小部分残基的结构？已知道这个蛋白的一个稍微粗糙的pdb结构3.4A，而精确的pdb结构2.4A缺少31个残基，如何用粗糙结构来建立这31个残基？怎么连在一起呢？如何操作啊，好着急啊

为了理想而奋斗

1楼 2008-11-21 11:06:26

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铜虫 (小有名气)

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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢欢迎光临

可以把这两个蛋白叠合到一起，3.4A的话主链的alpha碳应该还是有的。我不知道你可不可以用sybyl，sybyl里可以从已知alpha碳的位置构建相应的肽链，构建好之后还是在sybyl里把这段肽链merge到2.4A的结构上就可以了。另外点突变也可以在sybyl里做。

2楼2008-11-24 20:42:13

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