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基因组测序研究，中国学者再立新功
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The scientist杂志对近期最热门的一些基因组测序成果进行了盘点，我国学者参与的两项测序研究格外引人注目。 种属：虎鲸（Orcinus orca） 基因组：2.4 billion bp 和人类一样，虎鲸也有自己的文化。这种文化就是虎鲸从自己社群学到的行为。有的虎鲸群体相互协作将鱼赶到一起，有的虎鲸群体更喜欢围困海豹。为了明确这些行为的遗传学影响，研究人员对5个不同群体的50头虎鲸进行基因组测序，包括生活在北极和南极的虎鲸。相关论文发表在5月31日的Nature Communications杂志上。 研究指出，上述虎鲸群体来自二十五万年前的共同祖先。虽然它们的地理分布相互重叠，但却在进化过程中各自独立演化。这项研究还表明，文化不仅是虎鲸生活中的重要因素，也推动了虎鲸的遗传进化。（原文：Genome-culture coevolution promotes rapid divergence of killer whale ecotypes） 种属：巴西橡胶树（Hevea brasiliensis） 基因组：1.55 billion bp 巴西橡胶树（Hevea brasiliensis）生产丰富的乳胶（或称天然橡胶），大戟科（Euphobiaceae）其他植物都没有这样的能力。6月24日Scientific Reports杂志发布了巴西橡胶树的基因组序列，揭示了其橡胶生产能力的遗传学基础。 研究人员将巴西橡胶树的基因组序列与大戟科其他植物进行比较，包括木薯和蓖麻籽。他们发现，负责橡胶合成的基因家族在橡胶树基因组中扩张了八倍多。鉴定涉及天然橡胶生成的基因，可以帮助人们探索制造橡胶的新途径。“我们希望通过改造橡胶合成通路提升橡胶的产量和质量，或者想办法用微生物或绿藻生产橡胶，”这项研究的共同作者Minami Matsui说。（原文：The rubber tree genome shows expansion of gene family associated with rubber biosynthesis） 种属：蔓花生（Arachis duranensis） 基因组：1.05 billion bp 花生过敏是世界上最常见的一种食物过敏，在美国每千名儿童中就有八人对花生过敏。最近中外研究者对花生祖先（蔓花生）进行了全面的基因组分析，并将结果发表在六月十四日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。这篇文章的通讯作者包括山东省农科院花生研究所的禹山林（Shanlin Yu）研究员和广东省农科院作物研究所的梁炫强（Xuanqiang Liang）研究员。 花生是落花生和蔓花生杂交产生的，其四倍体基因组在2014年就已经被测序。为了鉴定花生基因组中来自祖先的序列，研究人员决定分别破译落花生和蔓花生的基因组。他们的初步结果于今年二月发表在Nature杂志上。现在研究人员又测序了十个蔓花生新样本，将基因组序列与其它引发过敏的坚果进行比较。研究显示，蔓花生拥有21个过敏原基因，其中有9个基因也存在于花生基因组中。（原文：Draft genome of the peanut A-genome progenitor (Arachis duranensis) provides insights into geocarpy, oil biosynthesis, and allergens） 种属：滇金丝猴（Rhinopithecus bieti） 基因组：3.52 billion bp 滇金丝猴生活在海拔很高的青藏高原上，是一种非常珍稀的灵长类动物。云南大学、中科院昆明动物研究所、中科院北京基因研究所等10多家研究机构对滇金丝猴进行基因组测序，鉴定了帮助这些动物在高海拔生存的基因。这项研究成果发表在7月11日的Nature Genetics杂志上，文章通讯作者是云南大学的于黎（Li Yu）研究员、中科院昆明动物研究所的张亚平（Ya-Ping Zhang）院士、以及中科学北京基因组研究所的吴仲义（Chung-I Wu）院士。 研究人员将滇金丝猴的基因组序列与生活在高海拔地区的川金丝猴和缅甸金丝猴、生活在低海拔地区的黔金丝猴和越南金丝猴进行比较。研究显示，高海拔地区的金丝猴共享六个基因的碱基替代，这些基因在肺功能、DNA修复和血管生成中起作用。此外，滇金丝猴基因组中的DNA损伤应答基因发生了显著扩展。 与此同时，中科院动物研究所的李明（Ming Li）研究员和诺和致源的李瑞强（Ruigiang Li）博士也在《Molecular Biology and Evolution》杂志上发布了他们的滇金丝猴基因组研究结果。 种属：油橄榄 基因组：1.38 billion bp 橄榄树是人类最早驯化的植物之一。如今地中海地区种植着一千多种橄榄树，这已经成为当地的重要经济资源。巴塞罗那的研究人员测序了一株油橄榄的基因组，发现这个品种与其它橄榄树分开之后出现了基因组加倍。他们计划对不同国家的橄榄树进行基因组比较，以便更好的理解橄榄树对不同环境条件的适应。这样的研究将对橄榄树育种产生很大的帮助。（原文：Genome sequence of the olive tree, Olea europaea） 种属：鼯猴（Galeopterus variegates） 基因组：3.2 billion bp 鼯猴是在东南亚森林中滑翔的小型哺乳动物。人们一直很难确定这些动物的分类，因为它们拥有多种不同动物的特征。八月十日Science Advances杂志发表的一项研究解决了这个问题。研究指出，在进化树上鼯猴应该排在灵长动物的旁边。 德克萨斯农工大学的研究人员测序了一只雄性鼯猴的基因组，并将其DNA序列与其它21种哺乳动物进行比较。他们的分析结果表明，鼯猴其实是灵长动物的姐妹群。研究人员还对博物馆中的鼯猴样本进行了DNA分析，发现鼯猴至少可以分为七个种系。鼯猴的栖息地正面临着严重威胁，人们亟需修订之前的保护措施。（原文：Genomic analysis reveals hidden biodiversity within colugos, the sister group to primates） |
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