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huangyc木虫 (正式写手)
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[交流]
[求助]pwscf编译
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先恭喜Pwscf版成立！ 我的问题如下： 编译PWSCF时make all出现如下问题（我先前没编译过软件）： test -d bin || mkdir bin if test -d iotk ; then \ ( cd iotk ; if test "make" = "" ; then make TLDEPS= lib+util ; \ else make TLDEPS= lib+util ; fi ) ; fi make[1]: Entering directory `/localhome/huang/espresso-4.0.3/iotk' cd src ; make lib+util make[2]: Entering directory `/localhome/huang/espresso-4.0.3/iotk/src' mpif90 -O2 -assume byterecl -nomodule -fpp -D__INTEL -D__FFTW -D__USE_INTERNAL_FFTW -I../include -I./ -I../Modules -I../iotk/src -I../PW -I../PH -c iotk_base.f90 ERROR: gfortran compiler is not in PATH for driver: mpif90 make[2]: *** [iotk_base.o] Error 1 make[2]: Leaving directory `/localhome/huang/espresso-4.0.3/iotk/src' make[1]: *** [lib+util] Error 2 make[1]: Leaving directory `/localhome/huang/espresso-4.0.3/iotk' make: *** [libiotk] Error 2 好象应该是数学库的问题，机器上用的是mkl库，不知怎么连接上，谢谢 |
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2楼2008-11-21 20:42:07
huangyc
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3楼2008-11-22 18:38:36
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csfn(金币+0,VIP+0):请注意emuch禁止广告，因此如果下次再发广告根据版规处理呢。如果能够贴出正确答案我们非常欢迎，建议你的广告可以放在你的个人签名或者标签里面进行，而不是重复发
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我来告诉你好了 配置一下环境变量 例如FC=你的Fortarn编译器名称 另外你的Fortarn编译器的路径需要加到PATH里面 我不建议你使用gfortran，GNU编译器太慢。 请使用export 或者 env 命令完成上述操作。 如果你想节省自己的时间而且想尽量发挥机器的性能，可以从我这购买一张光盘。 之前我发过一个广告贴， ================================================ 你可以使用abinit或者pwscf来计算，具体细节可以联系我 我可以以一个合适价格转让给你 希望对你有所帮助 你可以很容易地实现从MS到上述计算的转换 并且一下方面将会得到很好的处理 1.编译器优化。我们有理由相信一款好的编译器可以最好的发挥机器的性能，这一点Intel比GNU做得好。 2.单机并行。对于SMP机器（单机多核），CPU的功效将会被最大限度的发挥出来。 3.集群并行。 4.高效的数学库。 DELL 4核2G内存台式机 6000+RMB 可以在24小时内处理40个原子的超原胞计算。或者你可以部分使用MS的优化结果。 另外，大量软件的用户手册、教程、示例以及简单教学录像被收集并给予提供。天津地区有计算机供应。 发票（10%）提供，请联系QQ：155192560 |
4楼2008-11-23 16:45:53
huangyc
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7楼2008-11-24 08:36:22
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csfn(金币+2,VIP+0):many thanks, 辛苦了
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建议你用intel fortran编译，如果是intel的cpu.数学库函数采用mkl.在终端中运行which mpif90.看是否加载到环境变量中。 ./configure FC=ifort CC=icc LIBDIRS=/home/student/intel/mkl/10.0.5.025/lib/em64t 参考我的make.sys文件。 # make.sys. Generated from make.sys.in by configure. # compilation rules .SUFFIXES : .SUFFIXES : .o .c .f .f90 # most fortran compilers can directly preprocess c-like directives: use # $(MPIF90) $(F90FLAGS) -c $< # if explicit preprocessing by the C preprocessor is needed, use: # $(CPP) $(CPPFLAGS) $< -o $*.F90 # $(MPIF90) $(F90FLAGS) -c $*.F90 -o $*.o # remember the tabulator in the first column !!! .f90.o: $(MPIF90) $(F90FLAGS) -c $< # .f.o and .c.o: do not modify .f.o: $(F77) $(FFLAGS) -c $< .c.o: $(CC) $(CFLAGS) -c $< # DFLAGS = precompilation options (possible arguments to -D and -U) # used by the C compiler and preprocessor # FDFLAGS = as DFLAGS, for the f90 compiler # See include/defs.h.README for a list of options and their meaning # With the exception of IBM xlf, FDFLAGS = $(DFLAGS) # For IBM xlf, FDFLAGS is the same as DFLAGS with separating commas DFLAGS = -D__INTEL -D__FFTW -D__USE_INTERNAL_FFTW FDFLAGS = $(DFLAGS) # IFLAGS = how to locate directories where files to be included are # In most cases, IFLAGS = -I../include # If loading an external FFTW library, add the location of FFTW include files IFLAGS = -I../include # MODFLAGS = flag used by f90 compiler to locate modules # You need to search for modules in ./, in ../iotk/src, in ../Modules # Some applications also need modules in ../PW and ../PH MODFLAGS = -I./ -I../Modules -I../iotk/src \ -I../PW -I../PH # Compilers: fortran-90, fortran-77, C # If a parallel compilation is desired, MPIF90 should be a fortran-90 # compiler that produces executables for parallel execution using MPI # (such as for instance mpif90, mpf90, mpxlf90,...); # otherwise, an ordinary fortran-90 compiler (f90, g95, xlf90, ifort,...) # If you have a parallel machine but no suitable candidate for MPIF90, # try to specify the directory containing "mpif.h" in IFLAGS # and to specify the location of MPI libraries in MPI_LIBS MPIF90 = /home/student/Apps/mpich2-1.0.8-intel/bin/mpif90 #F90 = ifort CC = icc F77 = ifort # C preprocessor and preprocessing flags - for explicit preprocessing, # if needed (see the compilation rules above) # preprocessing flags must include DFLAGS and IFLAGS CPP = cpp CPPFLAGS = -P -traditional $(DFLAGS) $(IFLAGS) # compiler flags: C, F90, F77 # C flags must include DFLAGS and IFLAGS # F90 flags must include MODFLAGS, IFLAGS, and FDFLAGS with appropriate syntax CFLAGS = -O3 $(DFLAGS) $(IFLAGS) F90FLAGS = $(FFLAGS) -nomodule -fpp $(FDFLAGS) $(IFLAGS) $(MODFLAGS) FFLAGS = -O2 -assume byterecl # compiler flags without optimization for fortran-77 # the latter is NEEDED to properly compile dlamch.f, used by lapack FFLAGS_NOOPT = -O0 -assume byterecl # Linker, linker-specific flags (if any) # Typically LD coincides with F90 or MPIF90, LD_LIBS is empty LD = /home/student/Apps/mpich2-1.0.8-intel/bin/mpif90 LDFLAGS = LD_LIBS = # External Libraries (if any) : blas, lapack, fft, MPI # If you have nothing better, use the local copy : ../flib/blas.a BLAS_LIBS = -L/home/student/intel/mkl/10.0.5.025/lib/em64t -lmkl_em64t -lguide -lpthread # The following lapack libraries will be available in flib/ : # ../flib/lapack.a : contains all needed routines # ../flib/lapack_atlas.a: only routines not present in the Atlas library # For IBM machines with essl (-D__ESSL): load essl BEFORE lapack ! # remember that LAPACK_LIBS precedes BLAS_LIBS in loading order LAPACK_LIBS = -L/home/student/intel/mkl/10.0.5.025/lib/em64t -lmkl_em64t -lguide -lpthread # nothing needed here if the the internal copy of FFTW is compiled # (needs -D__FFTW -D__USE_INTERNAL_FFTW in DFLAGS) FFT_LIBS = # For parallel execution, the correct path to MPI libraries must # be specified in MPI_LIBS (except for IBM if you use mpxlf) MPI_LIBS = # IBM-specific: MASS libraries, if available and if -D__MASS is defined in FDFLAGS MASS_LIBS = # pgplot libraries (used by some post-processing tools) PGPLOT_LIBS = # ar command and flags - for most architectures: AR = ar, ARFLAGS = ruv # ARFLAGS_DYNAMIC is used in iotk to produce a dynamical library, # for Mac OS-X with PowerPC and xlf compiler. In all other cases # ARFLAGS_DYNAMIC = $(ARFLAGS) AR = ar ARFLAGS = ruv ARFLAGS_DYNAMIC= ruv # ranlib command. If ranlib is not needed (it isn't in most cases) use # RANLIB = echo RANLIB = ranlib # all internal and external libraries - do not modify LIBOBJS = ../flib/ptools.a ../flib/flib.a ../clib/clib.a ../iotk/src/libiotk.a LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FFT_LIBS) $(MPI_LIBS) $(MASS_LIBS) $(PGPLOT_LIBS) $(LD_LIBS) |
8楼2008-11-24 11:49:59
huangyc
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6#：make之前用过./configure这个命令 7#：非常感谢 灯塔守望者.我执行./configure后得到make.sys文件，但是并没有得到像您这样的MPIF90 = /home/student/Apps/mpich2-1.0.8-intel/bin/mpif90具体路径（就是MPIF90=mpif90）.我把我机器上mpif90及LD等的具体位置加上后，编译依然未通过，错误同上。 菜鸟一个啊，请不吝赐教. [ Last edited by huangyc on 2008-11-25 at 11:55 ] |
9楼2008-11-25 11:25:56
10楼2008-11-25 12:47:09
