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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 合成的引物中连接两个核苷酸的是磷酸吗？
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anlewo7777

木虫 (正式写手)

[交流] 合成的引物中连接两个核苷酸的是磷酸吗？

在看引物的化学合成时，发现似乎产物中的两个核苷酸之间连接时不是由磷酸连接而是磷酸的酯，这会有影响吗？
另外，引物合成结束后，从固定相上切下后5‘端是光秃秃的羟基吗？可以直接进行磷酸激酶加磷酸吗？

下图是摘自takara网站的合成步骤示意图
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1楼 2008-11-20 16:40:15
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herot

金虫 (小有名气)
两个核苷中的两个碱基是通过3或者5末端的羟基与磷酸成酯键连接的，合成后的引物3和5末端都是羟基。
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树欲静而风不止
2楼2008-11-20 21:53:03
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anlewo7777

木虫 (正式写手)
我的问题是，这样获得的引物和生物自己合成的不一样，核苷酸之间不是磷酸连接，而是磷酸酯连接，差别是如果是磷酸的话，是两个羟基分别与戊糖上的羟基成酯键，另外一个是自由羟基；而合成的引物核苷酸之间的磷酸的三个羟基都成为了酯键。这种差异会引起什么后续的麻烦吗？
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3楼2008-11-21 09:33:09
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yelitao1983

银虫 (小有名气)
如果第三个羟基也被酯化了肯定会对后续有影响，根据图上所示，第六步还有一个切离，托保护步骤，应该把那个脂键切掉了吧！
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4楼2008-11-21 10:09:10
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herot

金虫 (小有名气)
你发的图片上磷酸的三个羟基都是生成了酯键的，但是合成之后还有切割和纯化的步骤，在切割的时候就把碱基、磷酸上的保护基团都去除了，最后得到的寡核苷酸和生物体内的是一样的，唯一的区别就是两头的羟基都是自由的。
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树欲静而风不止
5楼2008-11-21 16:40:29
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