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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 审稿人提的两个问题很尖锐，希望学物理的来交流
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goodllian

金虫 (小有名气)

[交流] 审稿人提的两个问题很尖锐，希望学物理的来交流 已有4人参与

审稿人提的两个尖锐的问题如下，本人不是学物理的，很多东西不太懂，希望大家互相交流。
1.In addition, the authors have used a fully relaxation scheme for the B2 structure. The relaxation of the atomic positions using the Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno (BFGS) is nor justified nor necessary. The B2 unit cell contains two atoms: 1a(0,0,0) and 1b(0.5,0.5,0.5). These Wyckoff positions of 221 cubic spacegroup do not contain internal parameters and the forces on these two atoms are always zero whatever the applied external pressure. The BFGS is justified if the used supercells contain atomic defects or vacancies that break the symmetry.
2.The Mullikan population analysis as implemented in CASTEP is due to Segall et al "Population analysis in plane wave electronic structure calculations", Mol. Phys., 89, 571-577 (1996) and "Population analysis of plane-wave electronic structure calculations of bulk materials", Phys. Rev. B, 54, 16317-16320 (1996). It is well known that this analysis for metallic systems is unclear.
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1楼 2016-08-29 20:16:41
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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goodllian: 金币+5 2016-08-30 09:32:05
问题一：对于B2结构（氯化铯结构），原子位置是固定在立方体顶点和体心的，所以审稿人的意思是使用结构优化的意义何在。其实对于立方结构，完全可以通过简单的EOS拟合得到平衡晶格常数（0GPa)，进而推断不同压强下的晶格常数。楼主可以再做一个EOS（状态方程）拟合，且使用BGFS优化的目的是为了更简便的得到给定压强下的晶格常数，如EOS所得晶格常数与BGFS方法优化的相同，则可以明确回答审稿人，甚至可以考虑更改原文中用结构优化方法为EOS拟合。
问题二：楼上说得很清楚了，对于mullikan布局，由于不适合金属，如果楼主想表示元素A和B形成B2结构时的电荷转移和成键情况，可以考虑使用电荷密度及差分电荷密度分布来定性表征（反正Mullikan也定量不好）。
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思想重于技巧，内涵重于表象
4楼2016-08-30 09:16:16
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
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蛋蛋小童鞋: 金币+2, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2016-08-30 08:22:25
goodllian: 金币+2 2016-08-30 09:05:03
他這兩點不是 "問題"，而是提出他的看法

1.In addition, the authors have used a fully relaxation scheme for the B2 structure. The relaxation of the atomic positions using the Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno (BFGS) is nor justified nor necessary. The B2 unit cell contains two atoms: 1a(0,0,0) and 1b(0.5,0.5,0.5). These Wyckoff positions of 221 cubic spacegroup do not contain internal parameters and the forces on these two atoms are always zero whatever the applied external pressure. The BFGS is justified if the used supercells contain atomic defects or vacancies that break the symmetry.

前面講很多，重點最後一句
BFGS方法 是用在系統內有 defects 或 vacancies 造成對稱被破壞的情況下使用
你的系統?K不是這樣的情況

2.The Mullikan population analysis as implemented in CASTEP is due to Segall et al "Population analysis in plane wave electronic structure calculations", Mol. Phys., 89, 571-577 (1996) and "Population analysis of plane-wave electronic structure calculations of bulk materials", Phys. Rev. B, 54, 16317-16320 (1996). It is well known that this analysis for metallic systems is unclear.

重點一樣看最後一句就好
Mullican population 對於金屬系統是不合適的
你的系統應該是金屬，對嗎?

以上兩點，你若沒有好的理由說明
或是沒有改變你的作法
文章應該不容易被通過
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2楼2016-08-30 00:24:29
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hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.
★
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1.从对称性考虑，B2是高度对称，优化原子没有任何意义，你再怎么优化原子坐标俩原子坐标还是 0 0 0 和0.5 0.5 0.5，所以你只用找平衡晶格常数就好了，你设定多个晶格常数模型，做静态计算，如果你预测的好，理论上是E_a曲线是个开口向上的二次抛物线。取最低点位平衡晶格常数，当然是0K 下，
2. 这个问题很明确了，审稿人给你了两个文章，你看bond populations分析还不适用于金属体系，因为金属内的自由电子不属于任何一个原子，都是在体系内自由运动没有固定方向，所以金属键是非极性键。我也看过金属体系做population分析的，但是当期刊认真了，审稿人认真了或许不那么好使了。
建
议和老板或者懂物理的博士再探讨下你的文章。
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路漫漫其修远兮
8楼2016-08-30 15:25:14
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事，踏实做人
★ ★ ★ ★
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goodllian: 金币+3 2016-08-30 09:32:21
1. FGS不适合没有缺陷或空位的模型
软件中总共也没多少中优化的方法，你查找一下文献，看看别人用的什么方法，引用一下。
或者最笨的方法，把软件中所有的方法都尝试一下，做个对比，说BFGS对你的体系影响不大，可以忽略。
2. Mullican population对金属体系不适合
审稿人已经给出参考文献了，这个确定无疑了。你可以换种分析方式呀，比如Hirshfeld population。
或者找很多专业文献，引用一下，说Mullican population对你的体系也是适用的。
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http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
5楼2016-08-30 09:18:37
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普通回帖

goodllian

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2016-08-30 00:24:29
他這兩點不是 "問題"，而是提出他的看法

1.In addition, the authors have used a fully relaxation scheme for the B2 structure. The relaxation of the atomic positions using the Broyden-Fletch ...

谢谢你的回复，我想问的就是这两点，是像审稿人说的那样吗，BFGS不适合没有缺陷或空位的模型，那如果不适合的话，该用那种方法？还有第二点，布局分析适合那种系统？
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3楼2016-08-30 09:08:35
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goodllian

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by souledge at 2016-08-30 09:16:16
问题一：对于B2结构（氯化铯结构），原子位置是固定在立方体顶点和体心的，所以审稿人的意思是使用结构优化的意义何在。其实对于立方结构，完全可以通过简单的EOS拟合得到平衡晶格常数（0GPa)，进而推断不同压强下的 ...

多谢你的回复
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6楼2016-08-30 09:33:02
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goodllian

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2016-08-30 09:18:37
1. FGS不适合没有缺陷或空位的模型
软件中总共也没多少中优化的方法，你查找一下文献，看看别人用的什么方法，引用一下。
或者最笨的方法，把软件中所有的方法都尝试一下，做个对比，说BFGS对你的体系影响不大，可 ...

多谢回复
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7楼2016-08-30 09:33:21
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luzihen

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by souledge at 2016-08-30 09:16:16
问题一：对于B2结构（氯化铯结构），原子位置是固定在立方体顶点和体心的，所以审稿人的意思是使用结构优化的意义何在。其实对于立方结构，完全可以通过简单的EOS拟合得到平衡晶格常数（0GPa)，进而推断不同压强下的 ...

这楼说得简单易行,照着做就好
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9楼2016-08-30 17:45:23
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1. 说了看法，但实际上并不影响结果。意思是说你这个体系对称性太高了，实际上没有多少自由度可以优化，BFGS优化实际上没有必要。可以回复，BFGS算法不仅可以用来确定原子位置，也可以用来确定晶格常数。
2. 布局分布不适用于金属。请修改相应说法。
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10楼2016-08-30 20:47:48
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