应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 利用侯老师的脚本VASP截断能测试 出现问题如下，怎么解决呢 ？！
51/1返回列表
查看: 1814  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lisu555

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 利用侯老师的脚本VASP截断能测试 出现问题如下，怎么解决呢 ？！ 已有1人参与

[root@localhost SI-ecut-lda-us]# bash ecut.sh
ENCUT = 100 eV
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR found :  1 types and       2 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp5.2            0000000000DD9D8C  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2            0000000000CBA5E9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2            000000000075DFFB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2            0000000000AA3FAA  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2            0000000000459676  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2            000000000043430C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          000000327801ED5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp5.2            0000000000434209  Unknown               Unknown  Unknown
ENCUT = 150 eV
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR found :  1 types and       2 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
ecut.sh: line 3:  8210 段错误               (core dumped) vasp5.2
ENCUT = 200 eV
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR found :  1 types and       2 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
ENCUT = 250 eV
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.11 18Jan11 complex
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR found :  1 types and       2 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            

Stack trace terminated abnormally.

run_ecut.sh  脚本如下：

#!/bin/sh
rm -rf WAVECAR
for i in 100 150 200 250
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = bbc Fe
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp5.2
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done
哪位大侠帮忙分析一下谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-08-29 19:02:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

从心而觅

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lisu555 at 2016-08-30 09:32:13
我用的是CentOS系统：dos2unix run_ecut→bash run_ecut即可。...

首先给你的头像点个赞哈，真好玩。
这个问题我也遇到过，我的观点是“time vasp5.2”这个命令并不适用所以系统，因此没办法分配节点，但我现在没有解决这个问题。
你可以把那个脚本文件，直接变成POSCAR，把里面的循环删掉，一个一个算。最后也可以拟合。
另外我想问一下你不用这个脚本，直接提交vasp任务的命令是什么?
赞一下 回复此楼
一切有为法，如梦幻泡影！如露亦如电，应作如是观！
4楼2016-08-30 10:03:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

从心而觅

新虫 (小有名气)
其实我是对这个脚本存在疑问的，因为并没有说明怎么调用节点（或者我没看到？）另外楼主怎么提交脚本的呢？
赞一下 回复此楼
一切有为法，如梦幻泡影！如露亦如电，应作如是观！
2楼2016-08-30 08:04:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lisu555

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 从心而觅 at 2016-08-30 08:04:40
其实我是对这个脚本存在疑问的，因为并没有说明怎么调用节点（或者我没看到？）另外楼主怎么提交脚本的呢？

我用的是CentOS系统：dos2unix run_ecut→bash run_ecut即可。
赞一下 回复此楼
3楼2016-08-30 09:32:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lisu555

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 从心而觅 at 2016-08-30 10:03:01
首先给你的头像点个赞哈，真好玩。
这个问题我也遇到过，我的观点是“time vasp5.2”这个命令并不适用所以系统，因此没办法分配节点，但我现在没有解决这个问题。
你可以把那个脚本文件，直接变成POSCAR，把里面 ...

我就是编译成了vasp5.2，这个运行时没有问题的哦！平时就是 vasp5.2&运行，不用并行的话！另外测试截断能时，INCAR都是这么设置吗：

ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
还是根据具体材料，也就是用自己计算过程中要用的INCAR参数来测试呢？
赞一下 回复此楼
5楼2016-08-30 12:16:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭