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小范范1989木虫 (著名写手)
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[交流]
高斯背景电荷的咨询
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背景介绍：我计算晶体分子，采用ONIOM，想把low层的分子，用背景电荷代替。 1：之前看到sob老师的帖子：http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3464 这个里面是相同的分子他们的序号是一样的，所以，计算一个分子各原子的背景电荷，然后依次赋值就行了。 但是，现在我遇到的问题是，我的晶体分子，相同的分子，他们之间的顺序不对应，比如第一个分子C是1，N是2，但是第二个分子C是11，N却成了20，这个情形。至于怎么样把晶体分子编号顺序一致，我咨询过：http://ccc.keinsci.com/forum.php ... 3585&extra= 没能解决。 2：现在我的想法是：我把所有的原子，（high和low）都统一用高斯计算背景电荷。计算完之后，只采用low层原子，作为背景电荷，再去计算high的频率。 我的输入和输出文件如下，但是遇到的一直是内存不足。我一直扩大计算的内存，应该够大了吧。 Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016. Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC: LenV= 2180125 MaxCom= -186 Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016. Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC: LenV= 2180125 MaxCom= -186 Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016. Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016. File lengths (MBytes): RWF= 37799 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1094 Scr= 1 我查看高斯计算出错文件，提示如下，也是内存不够 ---------------------------------------- Begin PBS Epilogue Fri Aug 26 20:27:41 CST 2016 Session: 28069 Node Used: node77 Resources Used: cput=43:43:14,mem=8532748kb,vmem=11223820kb,walltime=02:12:05 ******** * NOTE * Temporary Files On Computing Node Are Copied Back and Removed By root! ******** End PBS Epilogue Fri Aug 26 20:29:20 CST 2016 ---------------------------------------- 我的问题是： 1：这个问题如何解决，用其他软件计算吗？还是有什么更好的方式来模拟？ 2：如果能把晶体的顺序对应起来，这样负值就方便了，这个如何弄呢？ 3：谢谢指点。 |
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2016-08-26 21:16:09, 41.72 K
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小范范1989: 金币+10, 谢谢您，我一会试试，谢谢了， 2016-08-28 18:00:01
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小范范1989: 金币+10, 谢谢您，我一会试试，谢谢了， 2016-08-28 18:00:01
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我说下一种处理原子编号顺序的方法吧. 如果你的各个分子构型相差不大, 可以处理 在分子中任意选择三个不共线的原子, 作为基准参考原子, 然后将坐标系旋转至由这三个原子确定的坐标系中, 比如第一个处于原点, 第二个位于x轴, 第三个位于xy平面内, 这样每个分子的取向就一致了, 每个原子对应的xyz坐标也差不多了, 根据xyz坐标就可以确定每个原子的对应原子了. 更简单的方法是对坐标进行下排序, 就对应好了 |
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小范范198920楼2016-08-28 12:06:22
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2楼2016-08-26 21:34:42
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10楼2016-08-26 22:32:38
