| 查看: 3001 | 回复: 24 | ||||
小范范1989木虫 (著名写手)
|
[交流]
高斯背景电荷的咨询
|
|||
|
背景介绍：我计算晶体分子，采用ONIOM，想把low层的分子，用背景电荷代替。 1：之前看到sob老师的帖子：http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3464 这个里面是相同的分子他们的序号是一样的，所以，计算一个分子各原子的背景电荷，然后依次赋值就行了。 但是，现在我遇到的问题是，我的晶体分子，相同的分子，他们之间的顺序不对应，比如第一个分子C是1，N是2，但是第二个分子C是11，N却成了20，这个情形。至于怎么样把晶体分子编号顺序一致，我咨询过：http://ccc.keinsci.com/forum.php ... 3585&extra= 没能解决。 2：现在我的想法是：我把所有的原子，（high和low）都统一用高斯计算背景电荷。计算完之后，只采用low层原子，作为背景电荷，再去计算high的频率。 我的输入和输出文件如下，但是遇到的一直是内存不足。我一直扩大计算的内存，应该够大了吧。 Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016. Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC: LenV= 2180125 MaxCom= -186 Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016. Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC: LenV= 2180125 MaxCom= -186 Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016. Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l502.exe at Fri Aug 26 20:27:39 2016. File lengths (MBytes): RWF= 37799 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1094 Scr= 1 我查看高斯计算出错文件，提示如下，也是内存不够 ---------------------------------------- Begin PBS Epilogue Fri Aug 26 20:27:41 CST 2016 Session: 28069 Node Used: node77 Resources Used: cput=43:43:14,mem=8532748kb,vmem=11223820kb,walltime=02:12:05 ******** * NOTE * Temporary Files On Computing Node Are Copied Back and Removed By root! ******** End PBS Epilogue Fri Aug 26 20:29:20 CST 2016 ---------------------------------------- 我的问题是： 1：这个问题如何解决，用其他软件计算吗？还是有什么更好的方式来模拟？ 2：如果能把晶体的顺序对应起来，这样负值就方便了，这个如何弄呢？ 3：谢谢指点。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : two.gjf
- 附件 2 : two.log
2016-08-26 21:16:09, 41.72 K
2016-08-26 21:16:15, 231.05 K
» 猜你喜欢
上海华东理工大学机械与动力工程学院先进材料与制造研究组招聘公告
已经有0人回复
-
304求调剂
已经有6人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有125人回复
-
304求调剂
已经有2人回复
-
巴黎西岱大学（Université Paris Cité）Fayna MAMMERI 导师寻找CSC公派博士生
已经有9人回复
-
一志愿985中药学306，求调剂
已经有0人回复
-
河南一本高校化学，材料，化工专业招收研究生
已经有0人回复
-
大连海事大学船舶洁净能源研究中心2026年博士研究生招生启事
已经有10人回复
-
2026年湘潭大学接收化学工程与技术相关方向学术型硕士研究生调剂生
已经有1人回复
-
中国散裂中子源诚聘“AI材料计算”方向博士后/职工
已经有75人回复
-
2026湖北师范大学化学化工学院招收硕士研究生调剂
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小范范1989: 金币+10, 谢谢您，我一会试试，谢谢了， 2016-08-28 18:00:01
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小范范1989: 金币+10, 谢谢您，我一会试试，谢谢了， 2016-08-28 18:00:01
|
我说下一种处理原子编号顺序的方法吧. 如果你的各个分子构型相差不大, 可以处理 在分子中任意选择三个不共线的原子, 作为基准参考原子, 然后将坐标系旋转至由这三个原子确定的坐标系中, 比如第一个处于原点, 第二个位于x轴, 第三个位于xy平面内, 这样每个分子的取向就一致了, 每个原子对应的xyz坐标也差不多了, 根据xyz坐标就可以确定每个原子的对应原子了. 更简单的方法是对坐标进行下排序, 就对应好了 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
小范范198920楼2016-08-28 12:06:22
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
 |
2楼2016-08-26 21:34:42
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
|
|
3楼2016-08-26 21:34:52
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
|
|
4楼2016-08-26 21:50:06
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
| 顶一下 |
5楼2016-08-26 21:56:11
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
 |
6楼2016-08-26 21:56:20
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
|
|
7楼2016-08-26 22:13:04
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
|
|
8楼2016-08-26 22:19:57
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
|
|
9楼2016-08-26 22:24:12
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
|
|
10楼2016-08-26 22:32:38
20