| 查看: 764 | 回复: 0 | |||
[交流]
北京生科院在宏基因组方法学研究中取得进展
|
|
基于高通量测序的宏基因组学技术，已成为研究微生物群落组成、结构及功能最主要的技术手段。宏基因组研究通常采用16S rRNA测序以获得物种谱信息，或采用全基因组随机测序WGS以得到功能基因谱信息，或两种策略同时采用。但是受测序技术和实验方法本身的限制（即短序列和小片段文库），这些研究会割裂物种谱和功能谱之间的联系。这是因为16S rRNA序列在宏基因组拼接时被视为重复序列，或被拼接到一起，或被舍弃，无法建立其与侧翼的蛋白编码基因的连接，导致16S rRNA物种谱信息与功能基因谱信息的割裂。这给环境微生物物种多样性（尤其是种下多态性）和功能多样性的研究带来严重障碍。 近来，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究团队在现有宏基因组学技术的基础上，提出一种全新的宏基因组研究策略，即16S rRNA-侧翼序列环化测序及计算技术（RiboFR-Seq，ribosomal RNA gene flanking region sequencing）。通过该技术，可以同时获得16S rRNA V4/6高变区及16S rRNA上游的蛋白编码基因序列。基于此数据，能够建立起16S rRNA与宏基因组拼接序列的物理关联，校正或补充彼此注释的结果，实现准确无偏的宏基因组数据解析，进而快速、准确和全面地解析环境样品中微生物的组成和功能。 研究人员利用该技术，进一步对人体共生微生物和海洋生物表面附生微生物群落开展了研究。从实际数据分析结果来看，RiboFR-seq方法可以实现对宏基因组中16S rRNA拷贝数的测定，从而修正了由于16S rRNA拷贝数差异导致的菌群丰度估计偏差，所得到的菌群组成更能反映环境中的真实情况。此外，利用“桥连序列”信息，对16S扩增子和全基因组测序拼接结果进行重新注释，可辅助宏基因组数据的拼接和组装。本技术首次建立了宏基因组中物种谱和功能基因谱的有效关联，为宏基因组学研究尤其是未知环境条件下微生物组的研究，提供了全新的思路和方法。 该工作由赵方庆团队的博士后张延明和博士研究生冀培丰共同完成，目前已在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线发表。该研究得到国家自然科学基金项目的资助。(来源：北京生命科学研究院) 赵方庆，博士，研究员。中科院“百人计划”入选者。 2001年获青岛海洋大学海洋生物学、计算机技术及其应用专业学士学位。 2006年在中国科学院海洋研究所获博士学位，研究方向为海洋微藻的进化基因组学。在此期间获得了中国科学院院长特别奖（2006），中国科学院优秀博士论文（2007），国家海洋科学技术奖一等奖（2012）。 2006年7月至2010年底在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心，从事计算生物学和基因组学的研究工作。 2010年10月被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员，主要研究方向是计算基因组学。 现为中国科学院北京生命科学研究院科研部副主任、计算生物学联合研究中心秘书长、中国生物工程学会计算生物学专业委员会副主任委员、副秘书长。 生物信息学国际刊物《Briefings in Bioinformatics》、《Hereditas》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》编委。2012年获得中国科学院“科技创新交叉与合作团队”计划的资助，成立了“计算基因组学”交叉合作团队。 承担国家自然科学基金3项，中科院知识创新工程资助课题1项和中科院院长特别奖基金1项。 目前，以第一作者或通讯作者身份在生物信息学和基因组学领域国际刊物发表学术论文40余篇。 研究领域：基因组变异与精准医学、环形非编码RNA组学 、宏基因组技术与人体健康。 阅微基因特聘中科院北京生命科学园博士赵方庆为科研技术部专家，为用户提供宏基因组测序、微生物基因组测序、16S/ITS测序、长链非编码RNA(LncRNA、环状RNA等)测序、单细胞测序、基因组测序、小RNA测序、外显子组测序等高通量测序服务专业的个性化分析。 |
回复此楼» 猜你喜欢
数一英一271专硕（085401）求调剂，可跨
已经有8人回复
-
295求调剂
已经有4人回复
-
0856求调剂
已经有5人回复
-
材料学硕333求调剂
已经有10人回复
-
299求调剂
已经有6人回复
-
一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂
已经有6人回复
-
289求调剂
已经有12人回复
-
070305高分子化学与物理 304分求调剂
已经有6人回复
-
0703化学调剂，求导师收
已经有10人回复
-
各位老师好，我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕
已经有5人回复
10