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yidiandian2703

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】:分子动力学软件的选择

老板给了个体系,要求用分子动力学来做。
我初步翻阅了一些分子动力学的书,也看了一些软件。
MD的软件好多,怎么选取合适的呢?
我做的是双原子分子在沸石孔中的排列。
先谢过了!

[ Last edited by zzgyb on 2008-11-20 at 14:18 ]
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
很多软件都可以做,
收费软件先问问老板会不会买,免费的大多是linux下的,首先要对操作系统比较熟悉
2楼2008-11-18 15:46:44
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
Gromacs AMBER NAMD CHARMM 这些都比较常用
3楼2008-11-18 16:40:16
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hackbuteer

新虫 (小有名气)

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢有益建议
首先可以查看一下文献,看看别人用的是什么;个人一直在用gromacs,计算速度快,如果你的体系比较大,可以考虑。而且我觉得可以至少两个都学一下,可以进行比较,也会对很多问题理解得更好,我就又在用lammps。
4楼2008-11-18 20:52:57
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yidiandian2703

铁虫 (小有名气)

谢谢!

我也看了一些软件的介绍,
Gromacs,amber,namd主要针对生物体系,lammps可以对沸石。
但是查阅文献后发现很多在沸石孔道内束缚的都是用DL_POLY来做的,而这个软件好像用的人不多啊,论坛上也很少。

请问有人用Gromacs来做沸石体系的吗?

[ Last edited by yidiandian2703 on 2008-11-19 at 12:42 ]
5楼2008-11-19 12:16:01
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
分子动力学软件正处在战国时代,很难说哪个最好。
不过研究体系一般都很局限,amber 只用来做dna,namd 只用来做蛋白质。
你说的那个我不十分了解

有一个专门的分子动力学论坛,到这里看看吧
http://www.mdbbs.org/bbs.php
6楼2008-11-19 13:25:06
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yidiandian2703

铁虫 (小有名气)

谢谢!

这个分子模拟论坛我也进去看过,Lammps用的挺多的。
7楼2008-11-19 13:29:43
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢你的回答!
能不能做什么体系主要看该程序里包含了针对这种体系的力场或作用势没有
因为经典MD里不可能把所有力场全部包含进去 也没有必要
所有的软件都是有侧重点的
最简单的办法就是看看人家做这个体系是用的那套程序
在看看程序本身包没包含这个力场就OK了
如果有多种选择的话再对比算法的不同 哪些有特殊处理 算的速度怎么样 精度怎么样
8楼2008-11-29 11:18:32
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gredream

禁虫 (正式写手)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流!欢迎再次光临模拟版!
本帖内容被屏蔽

9楼2008-11-29 11:27:06
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛,狼的耳朵,豹的速 ...

我做MS的discover但是不熟
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的,轻易地放弃了不该放弃的……
10楼2008-11-29 21:33:41
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