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静默人声412

木虫 (小有名气)

[求助] 提取土壤DNA,用生工的柱式土壤基因组提取试剂盒,可以提出DNA,但是PCR扩增不出来。 已有1人参与

提取土壤DNA,用生工的柱式土壤基因组提取试剂盒,可以提出DNA,但是PCR扩增不出来。现在先用PVP缓冲液预处理土壤,清洗了6遍直到缓冲液变清,再用试剂盒提取DNA,但是用提取液跑电泳没有条带,PCR也没有条带。
之前这样做只要模板DNA有带,'PCR就有条带,但目前为止只有一个有带。
不知道是什么原因,有什么解决办法吗?
我觉得是清洗液的原因,导致DNA得率降低。
PVP缓冲液:TRis-HCL            50mM
                          EDTA                  20mM
                           NaCL                100mM
                          PVP                    0.01g/ml
                             PH                     10
清洗步骤:300mg+3mlPVP缓冲液,漩涡振荡3min,在65℃水浴3min,再漩涡振荡3min,室温离心8000r,10min,弃上清,重复洗涤至上清液较为澄清。

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fanfan9056

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-25 06:39:19
可能是存在一些抑制成分在,浓度高吗?
2楼2016-08-22 09:27:51
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fanfan9056

银虫 (小有名气)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-25 06:39:25
如果浓度高,可以稀释一下试一试。
3楼2016-08-22 09:28:10
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allenchem

木虫 (小有名气)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-25 06:39:30
土壤中的PCR抑制剂成分主要是腐殖酸,判断依据就是最后的DNA溶液的颜色。如果是无色或者淡淡的色,那还好。如果是深黄色或者褐色,那很难p出来的

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4楼2016-08-22 10:16:11
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静默人声412

木虫 (小有名气)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-25 06:39:36
引用回帖:
4楼: Originally posted by allenchem at 2016-08-22 10:16:11
土壤中的PCR抑制剂成分主要是腐殖酸,判断依据就是最后的DNA溶液的颜色。如果是无色或者淡淡的色,那还好。如果是深黄色或者褐色,那很难p出来的

加入高盐溶液后,颜色是深棕色,用TE缓冲液洗脱后,是淡黄色。模板稀释后还是P不出来。
用PVP缓冲液清洗土壤后,提DNA成功了一个,之后DNA提不出来,清洗后是不是把微生物洗掉了,所以提不出DNA.但是我看的文献上说这样预处理。

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5楼2016-08-22 10:57:00
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allenchem

木虫 (小有名气)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-25 06:39:43
洗涤后是离心富集土壤是吧?

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6楼2016-08-22 11:38:42
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simao1919

木虫 (正式写手)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-25 06:39:52
zymo的microbe试试

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7楼2016-08-24 23:14:02
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静默人声412

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by allenchem at 2016-08-22 11:38:42
洗涤后是离心富集土壤是吧?

是的

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8楼2016-08-25 07:13:01
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