24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

策马入林

新虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 121.8
散金: 34
红花: 2
帖子: 188
在线: 135.8小时
虫号: 2042612
注册: 2012-10-04
专业: 生物化学

[交流] Hmmer search得到的结果怎么分析

想从注释的蛋白组数据中筛选出一个基因家族的成员，用了blastp，还用HMM build 构建了参考的模型，然后用这个模型对蛋白组数据进行了搜索，得到的结果如下
# hmmsearch :: search profile(s) against a sequen ce database
# HMMER 3.0 (March 2010); http://hmmer.org/
# Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Instit ute.
# Freely di stributed under the GNU General Public License (G PLv3).
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# query HMM file:                CCR.hmm
# target se quence database:       Smoellendorffi i_91_v1.0.p rotein.fa sta
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Q uery: clustal-ccr  [M=338]
S cores for complete sequences (score includes all domains):
#NAME? sequence --- --- best 1 domain --- -#dom-
E-value score  bias E-value  score  bias exp  N Sequence Description
------- ------ ----- ------- ------ ----- ---- -- -------- -----------
3.10E-151 503.4 0.4 3.4e-151  503.2 0.3 1.0  1 271114 pacid=15420855 transcript=271114 locus=271114 ID=27
8.20E-122 406.6 0.1 9.1e-122  406.5 0.1 1.0  1 134883 pacid=15414495 transcript=134883 locus=134883 ID=13
4.20E-120 401.0 0.2 4.7e-120  400.9 0.2 1.0  1 85242 pacid=15418444 transcript=85242 locus=85242 I D=8524
2.30E-118 395.3 0.0 2.5e-118  395.2 0.0 1.0  1 175949 pacid=15402139 transcript=175949 locus=175949 ID=17
7.80E-108 360.7 0.0 9.3e-108  360.4 0.0 1.0  1 234633 pacid=15404604 transcript=234633 locus=234633 ID=23
9.80E-104 347.2 0.1 1.1e-103  347.1 0.1 1.0  1 227661 pacid=15406323 transcript=227661 locus=227661 ID=22
4.00E-100 335.3 0.0 4.4e-100  335.2 0.0 1.0  1 227659 pacid=15406304 transcript=227659 locus=227659 ID=22
3.60E-90 302.6 0.0 4.1e-90  302.4 0.0 1.0  1 74610 pacid=15411358 transcript=74610 locus=74610 I D=7461
1.40E-89 300.7 0.0 1.5e-89  300.6 0.0 1.0  1 135301 pacid=15413377 transcript=135301 locus=135301 ID=13
8.20E-89 298.1 0.0 9.1e-89  298.0 0.0 1.0  1 413044 pacid=15411442 transcript=413044 locus=413044 ID=41
6.80E-88 295.1 0.0 7.6e-88  295.0 0.0 1.0  1 80798 pacid=15407661 transcript=80798 locus=80798 I D=8079
7.80E-85 285.1 0.1 1.1e-83  281.2 0.1 1.9  1 172432 pacid=15411880 transcript=172432 locus=172432 ID=17
1.30E-79 267.9 0.5    2e-78  264.0 0.3 2.0  1 97473 pacid=15410827 transcript=97473 locus=97473 I D=9747
3.60E-79 266.5 0.3 7.7e-78  262.1 0.2 2.0  1 92506 pacid=15419134 transcript=92506 locus=92506 I D=9250
9.50E-79 265.1 0.2 2.1e-77  260.7 0.2 2.0  1 97205 pacid=15409059 transcript=97205 locus=97205 I D=9720
8.30E-57 192.9 0.1 3.4e-56  190.9 0.1 1.9  1 402428 pacid=15404190 transcript=402428 locus=402428 ID=40
7.30E-55 186.5 2.0 1.3e-34  120.0 0.9 2.5  2 412487 pacid=15411666 transcript=412487 locus=412487 ID=41
1.30E-53 182.4 1.6 5.2e-52  177.2 1.1 2.0  1 141996 pacid=15413678 transcript=141996 locus=141996 ID=14
1.60E-21 76.9 0.0 1.8e-21 76.7 0.0 1.0  1 36792 pacid=15411703 transcript=36792 locus=36792 I D=3679
2.50E-21 76.3 0.0 2.7e-21 76.2 0.0 1.0  1 81627 pacid=15409759 transcript=81627 locus=81627 I D=8162
1.30E-19 70.6 0.3 1.4e-19 70.5 0.2 1.0  1 39033 pacid=15414990 transcript=39033 locus=39033 I D=3903
2.10E-19 70.0 0.0 3.8e-19 69.1 0.0 1.4  1 111632 pacid=15411934 transcript=111632 locus=111632 ID=11
3.40E-15 56.1 0.1 4.3e-15 55.8 0.0 1.2  1 421752 pacid=15418113 transcript=421752 locus=421752 ID=42
3.40E-12 46.3 0.1 7.3e-12 45.2 0.1 1.5  1 37017 pacid=15409001 transcript=37017 locus=37017 I D=3701
后面还有一些就省略了，我想请教一下这个结果怎么看，以什么为依据来进一步筛选呢？

回复此楼