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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在做纳米颗粒的烧结仿真，有几个问题想和大家讨论一下。
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leebrave

银虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by csutzk at 2016-08-18 18:23:27
朋友可以加个QQ么，太厉害！...

过奖，我也是入门阶段。 你先尝试着做，有问题随时交流。
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不慌，平常心，一步一步走过来。
11楼2016-08-18 21:55:06
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csutzk

木虫 (小有名气)
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10楼: Originally posted by leebrave at 2016-08-18 21:53:49
在build选项卡中找到晶体一栏就可以的...

晶体下构造的盒子。无法将建立的分子模型粘贴进去。我看help里面，他系综里面是有好几种，但是我只有两种，一般来说不满足条件应该仅仅是灰色不能勾选呀
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12楼2016-08-19 08:46:59
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csutzk

木虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by MS_Z at 2016-08-18 20:42:33
不存在NVPT这种ensemble。。。选项卡里当然没有。。，
...

不是，我的意思是如何得到NPT这个选项，或者说怎么样来限制纳米颗粒的自由度
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13楼2016-08-19 09:19:47
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leebrave

银虫 (小有名气)
★
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12楼: Originally posted by csutzk at 2016-08-19 08:46:59
晶体下构造的盒子。无法将建立的分子模型粘贴进去。我看help里面，他系综里面是有好几种，但是我只有两种，一般来说不满足条件应该仅仅是灰色不能勾选呀...

不应该啊，你也可以直接在你的分子那个界面上建造盒子，把显示的方式调解下就好
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不慌，平常心，一步一步走过来。
14楼2016-08-19 09:20:17
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csutzk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by leebrave at 2016-08-19 09:20:17
不应该啊，你也可以直接在你的分子那个界面上建造盒子，把显示的方式调解下就好...

用你所说的，在模型界面上建造了一个盒子就用的build 下的crystals。出现了NPT，但是结果不扩散也没结合。是不是需要边界条件，MS是他是自动选择计算么？不需要你选择计算势能，或者初速度的计算方式么？
在做纳米颗粒的烧结仿真，有几个问题想和大家讨论一下。
21.PNG


在做纳米颗粒的烧结仿真，有几个问题想和大家讨论一下。-1
捕获.PNG
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15楼2016-08-19 11:51:46
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leebrave

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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15楼: Originally posted by csutzk at 2016-08-19 11:51:46
用你所说的，在模型界面上建造了一个盒子就用的build 下的crystals。出现了NPT，但是结果不扩散也没结合。是不是需要边界条件，MS是他是自动选择计算么？不需要你选择计算势能，或者初速度的计算方式么？

21.PNG
...

我试过了，你可以直接用nvt来做，可以出结果。
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不慌，平常心，一步一步走过来。
16楼2016-08-19 17:46:55
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csutzk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by leebrave at 2016-08-19 17:46:55
我试过了，你可以直接用nvt来做，可以出结果。...

为啥我还是一样的结果。能说说你的步骤么？   我先建了一个5A的Ag团簇nanocluster,然后做一个10A的，把他们粘贴到一个窗口，利用movement的命令让其接触，然后如你所说build crystals 然后选NVT......可以看一下你做的结果图么。我今天看了资料，好像做盒子还可以用amorphous cell中的construction。
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17楼2016-08-19 19:00:42
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MS_Z

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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17楼: Originally posted by csutzk at 2016-08-19 19:00:42
为啥我还是一样的结果。能说说你的步骤么？   我先建了一个5A的Ag团簇nanocluster,然后做一个10A的，把他们粘贴到一个窗口，利用movement的命令让其接触，然后如你所说build crystals 然后选NVT......可以看一下你 ...

我不知道这会不会是你的问题—由于周期性边界条件因素的影响 盒子里的坐标可能是经过周期性变换 建议检查下display选项卡（好像是这个）里面关于坐标的设置是不是original

发自小木虫IOS客户端
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18楼2016-08-19 21:24:02
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csutzk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by MS_Z at 2016-08-19 21:24:02
我不知道这会不会是你的问题—由于周期性边界条件因素的影响 盒子里的坐标可能是经过周期性变换 建议检查下display选项卡（好像是这个）里面关于坐标的设置是不是original
...

这样调整original 模型和盒子相对位置就发生了改变。不知道如何选取移动单个体。
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19楼2016-08-20 11:26:58
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csutzk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by MS_Z at 2016-08-19 21:24:02
我不知道这会不会是你的问题—由于周期性边界条件因素的影响 盒子里的坐标可能是经过周期性变换 建议检查下display选项卡（好像是这个）里面关于坐标的设置是不是original
...

或者说如何让两个纳米可以接触，我是通过移动，因为半径都知道，所以建模的中心移动一定的量就可以让他们相切。有点鸡肋
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20楼2016-08-20 11:33:49
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