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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子动力学模拟后结构发生错误
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李加伟

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不过凡人

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[求助] 分子动力学模拟后结构发生错误 已有1人参与

我使用vasp分子动力学模拟，先将结构计算300步，但是结构已经被拉开，计算3000步之后顶层的两层完全被拉到盒子的另外一端了。不知道这个是怎么回事。
初始结构
分子动力学模拟后结构发生错误
计算后结构
分子动力学模拟后结构发生错误-1

INCAR内容：
ISTART=0；ICHARG=2
ISPIN=2；PREC=LOW
ENCUT=450；GGA=PE
ALGO=FAST；LDIAG=.TURE.
LPLANE = .TRUE.
NELM=200; NELMIN=8;
NELMDL = 5；WEIMIN = 0
LREAL=Auto
EDIFF=0.1E-03
ISMEAR=0; SIGMA=0.02
EDIFFG=-0.01；NSW=300
IBRION=0；ISIF=0
SMASS=-1；ISYM=0
POTIM=1.5
TEBEG=1000；TEEND=1000
LWAVE=.F.
LCHARG=.F.

[ Last edited by 李加伟 on 2016-8-16 at 22:24 ]
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人生海海，在于内心
1楼 2016-08-15 11:22:34
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mclove9

金虫 (正式写手)
结构拉开啊啊，莫非结构不稳定

发自小木虫Android客户端
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dupond
2楼2016-08-15 11:24:54
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李加伟

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引用回帖:
2楼: Originally posted by mclove9 at 2016-08-15 11:24:54
结构拉开啊啊，莫非结构不稳定

实验上来说应该是十分稳定的
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人生海海，在于内心
3楼2016-08-15 12:29:40
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匿名

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4楼2016-08-16 16:36:46
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李加伟

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引用回帖:
4楼: Originally posted by xiayangchao at 2016-08-16 16:36:46
会不会只是显示的问题。。。

这个还真不知道呢……
应该不是，因为：
1.用的是正常的处理方法，在MS里面看的
2.MD的过程一直显示分离，图上给的是最初和最后的两个状态
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人生海海，在于内心
5楼2016-08-16 17:05:49
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匿名

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6楼2016-08-16 17:13:03
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
李加伟: 金币+5, ★有帮助, 感谢参与 2016-08-16 22:25:01
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiayangchao at 2016-08-16 17:13:03
我的意思是键是存在的，但由于比较长，没有显示出来，有的软件对于超过一定长度的键是不显示，甚至长度短的话会显示双键

我认为6楼说的对。

软件自动画出的键，取决于你设置的显示距离，如果超出了这个距离，实际上有可能还有作用，但软件认为已经超出了截断（cutoff）值，就认为不成键了。
我个人习惯一般是不显示成键，最后根据需要来确定最近邻cutoff。
还有就是lammps不能显示
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7楼2016-08-16 17:26:09
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李加伟

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引用回帖:
7楼: Originally posted by abinitio at 2016-08-16 17:26:09
我认为6楼说的对。

软件自动画出的键，取决于你设置的显示距离，如果超出了这个距离，实际上有可能还有作用，但软件认为已经超出了截断（cutoff）值，就认为不成键了。
我个人习惯一般是不显示成键，最后根据需 ...

做分子动力学的时候也会这样吗？我是用ＭＳ查看的动画，这里只贴了３００步之后的图，不过３０００步后就差的很离谱了。用的是ｖａｓｐ
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人生海海，在于内心
8楼2016-08-16 22:22:52
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