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onlyawaityou

新虫 (初入文坛)

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[求助] 效应因子已有1人参与

如何从基因组库中筛选效应因子啊，哪位大神帮帮忙

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1楼 2016-08-13 10:33:33

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cindy1217

银虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

分泌的蛋白质被表征为含有信号肽的蛋白质。使用三种软件鉴定信号肽：SignalP 4.1 [32]，Phobius [33]和PrediSi [34]，D-得分= Y.蛋白质亚细胞定位使用TargetP [35] Loc = S和SherLoc2 [36]进行。 ]具有“细胞外”寻址参数的软件。 TMHMM v2.0 [37]和Phobius [33]软件用于保持蛋白质与一个Transmem-brane域（TM）或没有TM位于N末端信号肽上。为了增加严格性，仅考虑由两种软件选择的预测蛋白质用于进一步分析。在分泌蛋白组预测后，去除了具有5％或更高的未确定氨基酸（X）的蛋白质（图1）。
此外，基于Toro和Brachmann [38]效应物预测管道，考虑至少一种以下效应物导向标准，分泌蛋白质被开采用于候选分泌效应蛋白（CSEP）：（i）使用NLStra的核定位信号（NLS）蛋白质 - damos [39]，（ii）富含胱氨酸（> 3％）（SCR）的小蛋白质（<= 150 aa），使用perl文字，和（iii）含有蛋白质（RCP）的重复序列，与XTREAM软件[40]，为了增加识别效应子的可能性，还通过EffectorP软件预测了CSEP [41]（附加文件1：表S1;图1）。最后，我们建立了一个CSEP数据库。通过一种以上标准预测的蛋白质仅计数一次。

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