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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 利用castep计算电荷密度未能得到计算结果
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yuanlh

木虫 (小有名气)

[求助] 利用castep计算电荷密度未能得到计算结果 已有1人参与

请高手指点计算不成功的原因：
我利用MS教程中的分子碎片电荷密度的计算方法（见附件）计算金属/石墨烯体系的电荷密度。
首先，定义分子片断：打开已优化好的结构（金属Ti吸附于石墨烯），选择菜单栏里的Edit | Edit sets。点击选上金属原子，在Edit Sets 对话框里，点击New。在Define New Set 对话框里，输入Ti DensityDifference，按下OK。已设置为P1对称性。
接着，选择工具条中的CASTEP，然后选择其上的Calculation。把Task 的内容改为Energy。选择Properties 标签栏，勾选上其上的Electron density difference。勾选上Both atomic densities and sets of atoms。开始计算。

可是不论在电脑上还是远程集群上计算后，结果分析时，按照教材上“选择Electron density difference，勾选上View isosurface，取消选择Use atomic densities，按下Import 按钮“，可是当取消掉“use atomic densities”后，import 为灰色的，不能加载。肯定计算不完整，只能分析原子密度，不能分析碎片的电荷密度。
请有经验的朋友指点迷津！
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  • 附件 1 : 电荷密度.docx
    • 2016-08-10 20:06:55, 117.03 K
  • 附件 2 : 图片.docx
    • 2016-08-10 20:36:28, 63 K

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差分电荷密度

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静心做研究
1楼 2016-08-10 20:38:42
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yuanlh

木虫 (小有名气)
有经验的童鞋来讨论一下吧！
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静心做研究
2楼2016-08-11 16:05:56
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
蛋蛋小童鞋: 金币+2, 应助指数+1, 谢谢参与，鼓励积极回答问题者 2016-08-12 10:11:46
yuanlh: 金币+3, ★★★很有帮助 2016-08-12 10:13:25
1、这个叫做电荷密度差，电荷密度的概念是另外一个，虽然有联系。
2、程序提示你把其中一个Sets设置成DensityDifference，你干嘛非得设置成Ti DensityDifference呢？
3、勾选use atomic densities给出的是形变电荷密度，勾选Electron density difference是电荷密度差。
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3楼2016-08-11 22:14:24
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yuanlh

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-08-11 22:14:24
1、这个叫做电荷密度差，电荷密度的概念是另外一个，虽然有联系。
2、程序提示你把其中一个Sets设置成DensityDifference，你干嘛非得设置成Ti DensityDifference呢？
3、勾选use atomic densities给出的是形变电荷 ...

非常感谢！
1，我在做吸附，首先过渡金属吸附于缺陷石墨烯上，已经通过结合能得到几种金属和石墨烯结合的较强，还想通过电荷密度的来进一步说明某种金属和石墨烯结合的较强。但不知该用电荷密度还是电荷密度差来研究？，麻烦请指导一下。
2，看了教材中CO吸附于Pb表面上的电荷密度变化后，我仿照教材做的，我再试试把Sets设置成“DensityDifference”。
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静心做研究
4楼2016-08-12 10:12:27
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
蛋蛋小童鞋: 金币+2 2016-08-13 16:21:05
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuanlh at 2016-08-12 10:12:27
非常感谢！
1，我在做吸附，首先过渡金属吸附于缺陷石墨烯上，已经通过结合能得到几种金属和石墨烯结合的较强，还想通过电荷密度的来进一步说明某种金属和石墨烯结合的较强。但不知该用电荷密度还是电荷密度差来研 ...

电荷密度差反应的是电荷转移的趋势，但不能表示相互作用绝对强弱。电荷密度直接看看不出啥问题。如果要进一步说明相互作用，AIM（atoms in molecule）和RDG（reduced density gradient）这些方法对相互作用方面的分析可能会更有效。
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5楼2016-08-12 10:53:37
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yuanlh

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-08-12 10:53:37
电荷密度差反应的是电荷转移的趋势，但不能表示相互作用绝对强弱。电荷密度直接看看不出啥问题。如果要进一步说明相互作用，AIM（atoms in molecule）和RDG（reduced density gradient）这些方法对相互作用方面的分 ...

1.AIM和RDG是两款软件吗？
2. 一些文献中通过分析电子云的重叠来说明原子（或分子）和基体间作用加强（如附件1图6，感觉应该是电荷密度）。
3.电荷密度是否可以分析成键情况？电荷密度差除了分析电荷转移的趋势再得不到其他信息了吗？
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  • 附件 1 : Aozhimin_Al吸附石墨烯的高储氢量PhysRevB.81.205406.pdf
    • 2016-08-12 18:15:53, 521.37 K
静心做研究
6楼2016-08-12 18:23:58
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-12 19:37:23
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuanlh at 2016-08-12 18:23:58
1.AIM和RDG是两款软件吗？
2. 一些文献中通过分析电子云的重叠来说明原子（或分子）和基体间作用加强（如附件1图6，感觉应该是电荷密度）。
3.电荷密度是否可以分析成键情况？电荷密度差除了分析电荷转移的趋势再 ...

1、不是，是两种理论，可以实现的程序也是有的，对于CASTEP有哪些程序能够支持这些分析，我不太好说。
2、电荷密度本身是随着空间分布且随其变化的，同核分子之间也许可以直接看两个原子间电荷密度，非同核原子呢？AIM虽然非绝对准确，但给出了一个参考——看键临界点的密度。
3、我认为电荷密度需要进行处理才能进行分析，如AIM和RDG之类都是电荷密度的产物；电荷密度差我个人觉得只能分析电荷转移；实际上还可以借助一些波函数方面的分析。这方面的理论得多参考几种，这些理论也有各自的优势和缺陷，相互结合才能得出正确的结论。
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yuanlh
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7楼2016-08-12 19:10:55
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yuanlh

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-08-12 19:10:55
1、不是，是两种理论，可以实现的程序也是有的，对于CASTEP有哪些程序能够支持这些分析，我不太好说。
2、电荷密度本身是随着空间分布且随其变化的，同核分子之间也许可以直接看两个原子间电荷密度，非同核原子呢 ...

非常感谢指导!
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静心做研究
8楼2016-08-14 10:10:24
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王力南159

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用Task：energy算电荷密度差图可以不用勾选atomic densities，GeomOpt下的不可以，当然要注意提前Set
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那些因为年轻犯的错，早已随风飘落
9楼2018-10-27 11:55:18
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