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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 利用MS 模拟两个大分子热解相互作用反应的化学键变化
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鬼马霄汉

新虫 (初入文坛)

[求助] 利用MS 模拟两个大分子热解相互作用反应的化学键变化 已有1人参与

我的金币不多，请各位虫友见谅。
现在想利用MS 模拟两个大分子热解相互作用反应的化学键变化（断键以及形成新键），主要是脂肪侧链，酚羟基等。
已经用Dmol3对两个大分子分别进行了几何优化。
由于几何优化后大分子结构不规则，原子数量较大，不易看出变化，且后期再用Dmol3计算总能量时计算量巨大。
不知道虫友们有什谢谢各位啦！
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1楼 2016-08-05 09:14:23
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DDPS

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

单独模拟断键可以用ms中的ReaxFF力场 这是分子动力学方法  断键和成键同时模拟就涉及到化学反应 就得用DFTB+模块中的dynamic进行计算模拟
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2楼2016-08-10 10:40:19
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CQUTC

金虫 (小有名气)
您好，你建立的两个大分子是在Amorphous Cell模块建立的吗？我也准备做聚合物在Dmol3下的模拟，但我在Amorphous Cell模块建立2条聚合物的无定型模型后在Dmol3中进行几何优化，到最后一步总是报错。
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3楼2016-08-26 21:24:55
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fyz_ok

金虫 (正式写手)
用Dmol3做大分子的模拟，现实吗？计算量也太大了吧。

发自小木虫IOS客户端
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4楼2016-09-03 10:05:28
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虾仁猪心晖

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by CQUTC at 2016-08-26 21:24:55
您好，你建立的两个大分子是在Amorphous Cell模块建立的吗？我也准备做聚合物在Dmol3下的模拟，但我在Amorphous Cell模块建立2条聚合物的无定型模型后在Dmol3中进行几何优化，到最后一步总是报错。

是不是最大循环次数设置的太小了
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5楼2022-04-06 14:22:51
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