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jianjunjiang铁杆木虫 (正式写手)
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如何计算均方位移（MSD）中原子在不同时刻的位移差
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各位大侠： 在计算均方位移（MSD）时，要计算出不同时刻某个粒子的位移（比如说ri（t）-ri(0)），ri（t）和ri(0)是粒子在不同时刻的位置， 请问这种情况下，是不是也要利用最小镜像原理计算出ri（t）-ri(0)相应模的最小值。（请注意，不同时刻模拟盒子的大小不一样） |
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【答案】应助回帖
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"有一点要特别注意的是，在模拟流体（气体和液体）时，要定义两套坐标，对其中一套坐标施加一个周期边界条件（即每当某个粒子跑出模拟盒子，就把它拉回来；对于固体，这是没有必要的），对另一套坐标不用施加周期边界条件（即不用将跑出盒子的粒子拉回盒子，而是任其自由跑动，即允许体系“扩散”）。求力的时候，一定要用那套施加了周期边界条件的坐标（不然求的力是不对的）；而计算MSD时，则用那套没有施加周期边界条件的坐标（不然计算的MSD是错的）。" 上面一段话取自于我的博文（详见我的名为《用分子动力学模拟计算扩散系数》的博文：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863&do=blog&id=991891）。我的博文中提供了完整的C语言源代码、matlab后处理脚本、以及算例。 再回到你的问题“ 在计算均方位移（MSD）时，要计算出不同时刻某个粒子的位移（比如说ri（t）-ri(0)），ri（t）和ri(0)是粒子在不同时刻的位置， 请问这种情况下，是不是也要利用最小镜像原理计算出ri（t）-ri(0)相应模的最小值。（请注意，不同时刻模拟盒子的大小不一样）” 答案是：不需要，因为为计算MSD所保存的坐标是“自由”坐标，不需要施加周期边界条件的。 |
2楼2016-07-31 23:11:09
jianjunjiang
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3楼2016-07-31 23:23:53
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4楼2016-07-31 23:37:12
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6楼2016-08-01 08:14:13
