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19920811zlf

新虫 (小有名气)

[交流] 引物设计 已有8人参与

计算引物GC含量和Tm值时要把酶切位点的碱基算进去吗,本来计算出来的值挺好的,一加酶切位点就偏高了
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

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xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-07-31 08:04:00
不需要放酶切位点和保护碱基的碱基

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···
2楼2016-07-31 00:36:07
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2282954162

新虫 (初入文坛)

需要啊,,你加的酶切位点和保护性碱基,都算引物的一部分!
心若没有栖息的地方,到哪里都是在流浪!
3楼2016-07-31 13:06:56
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2282954162

新虫 (初入文坛)

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送红花一朵
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-08-02 21:25:15
你如果做基因表达,设计引物需要加酶切位点和保护性碱基,如果是常规PCR ,做鉴别基因做PCR,那么就没有必要加酶切位点和保护性碱基了!
心若没有栖息的地方,到哪里都是在流浪!
4楼2016-07-31 13:08:48
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)


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引用回帖:
4楼: Originally posted by 2282954162 at 2016-07-31 13:08:48
你如果做基因表达,设计引物需要加酶切位点和保护性碱基,如果是常规PCR ,做鉴别基因做PCR,那么就没有必要加酶切位点和保护性碱基了!

楼主问的是计算加了酶切位点和保护碱基的引物的Tm值时是否要把酶切位点保护碱基计算在内。
5楼2016-08-01 12:34:08
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-08-02 21:26:01
计算Tm值时,不需要把酶切位点保护碱基计算在内。
6楼2016-08-01 12:35:52
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想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)

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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-08-02 21:27:03
不用的,酶切位点不管他,只要去掉酶切位点的Tm值相差不多就行

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7楼2016-08-02 08:58:48
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010308Jing

木虫 (正式写手)

★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-08-02 21:26:37
不需要的,计算退货温度的时候只计算引物跟模板互补的那段就可以啦

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8楼2016-08-02 14:52:27
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20110815

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
要从组织中扩增3800bp的目的基因,设计一对引物能否扩得出来?

发自小木虫Android客户端
9楼2016-08-03 23:48:21
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Alice 2016

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我一般都是用软件自动生成的Tm值,现在很多的软件生成的Tm值都挺合适的,你可以多用几个做参考的
怕什么真理无穷,进一寸有一寸的欢喜
10楼2016-08-04 10:55:18
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