应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » 其它 » Linux中如何在基因组中按序列的起始和终止位置批量调取序列，用Perl或者其他，急求
61/1返回列表
查看: 1438  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

PLEASE琳子

新虫 (初入文坛)

[求助] Linux中如何在基因组中按序列的起始和终止位置批量调取序列，用Perl或者其他，急求

位置文件是这样的（有若干行）：
786        237569        237712
944        529029        531676
99        610867        612377
LG2        13300953        13310270
LG23        8337956        9758600
LG24        9759755        9759895


序列文件是这种格式：
>000000501
TTTTTAAGAGACAGACCTAAGAGTACCTTCAACAGATG...
>LG24
GAGACAGACCTAAGAGTACCTTCAACA...



Linux中如何在基因组中按序列的起始和终止位置批量调取序列，用Perl或者其他，急求
基因组文件.png
Linux中如何在基因组中按序列的起始和终止位置批量调取序列，用Perl或者其他，急求-1
序列位置信息.png
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

PLEASE琳子

» 猜你喜欢
1楼 2016-07-28 08:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PLEASE琳子

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
2楼2016-07-28 09:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Science298

铜虫 (正式写手)
问题描述太模糊。我想大多数看到你帖子的虫友，都和我一样觉得不知道怎么帮你。
赞一下 回复此楼
3楼2016-07-29 15:23:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

菜鸟学python

新虫 (小有名气)
其实很简单的，有现成的软件，要自己写脚本也不是很难

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2016-07-29 15:46:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天国浪子

铜虫 (小有名气)
没看懂，有基因名和起始终止位置可以直接在参考基因组上取，我有小脚本需要的话给你。你的序列文件不知道是怎么回事，直接是基因对应序列？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2016-07-30 01:08:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我懂得了珍惜

木虫 (正式写手)
你为啥用Linux系统，必要吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2016-07-30 23:10:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 PLEASE琳子 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕，求调剂 6+4 糖葫芦888ll 2026-03-22 9/450 2026-03-25 11:19 by greychen00
[考研] 【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额 +3 袁奂奂 2026-03-25 6/300 2026-03-25 11:08 by 袁奂奂
[考研] 食品专硕 一志愿双一流 328 +3 xiaom99 2026-03-21 4/200 2026-03-24 21:20 by lailaisimei
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +5 谷雨上岸 2026-03-23 6/300 2026-03-24 16:32 by laoshidan
[考博] 申博26年 +4 八6八68 2026-03-19 4/200 2026-03-24 15:49 by 小Ben呵呵
[考研] 求调剂 +7 十三加油 2026-03-21 7/350 2026-03-23 23:48 by 热情沙漠
[考研] 284求调剂 +3 yanzhixue111 2026-03-23 6/300 2026-03-23 22:58 by pswait
[考研] 材料/农业专业，07/08开头均可，过线就行 +3 呵唔哦豁 2026-03-23 4/200 2026-03-23 22:30 by 汪！？！
[考研] 石河子大学（211、双一流）硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 考研调剂 +4 来好运来来来 2026-03-21 4/200 2026-03-22 12:15 by 星空星月
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 296求调剂 +4 www_q 2026-03-20 4/200 2026-03-21 17:26 by 学员8dgXkO
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 290求调剂 +7 ^O^乜 2026-03-19 7/350 2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭