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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » 其它 » Linux中如何在基因组中按序列的起始和终止位置批量调取序列，用Perl或者其他，急求
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PLEASE琳子

新虫 (初入文坛)

[求助] Linux中如何在基因组中按序列的起始和终止位置批量调取序列，用Perl或者其他，急求

位置文件是这样的（有若干行）：
786        237569        237712
944        529029        531676
99        610867        612377
LG2        13300953        13310270
LG23        8337956        9758600
LG24        9759755        9759895


序列文件是这种格式：
>000000501
TTTTTAAGAGACAGACCTAAGAGTACCTTCAACAGATG...
>LG24
GAGACAGACCTAAGAGTACCTTCAACA...



Linux中如何在基因组中按序列的起始和终止位置批量调取序列，用Perl或者其他，急求
基因组文件.png
Linux中如何在基因组中按序列的起始和终止位置批量调取序列，用Perl或者其他，急求-1
序列位置信息.png
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PLEASE琳子

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1楼 2016-07-28 08:57:42
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PLEASE琳子

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
2楼2016-07-28 09:03:45
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Science298

铜虫 (正式写手)
问题描述太模糊。我想大多数看到你帖子的虫友，都和我一样觉得不知道怎么帮你。
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3楼2016-07-29 15:23:39
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菜鸟学python

新虫 (小有名气)
其实很简单的，有现成的软件，要自己写脚本也不是很难

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4楼2016-07-29 15:46:35
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天国浪子

铜虫 (小有名气)
没看懂，有基因名和起始终止位置可以直接在参考基因组上取，我有小脚本需要的话给你。你的序列文件不知道是怎么回事，直接是基因对应序列？

发自小木虫Android客户端
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5楼2016-07-30 01:08:31
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我懂得了珍惜

木虫 (正式写手)
你为啥用Linux系统，必要吗？

发自小木虫Android客户端
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6楼2016-07-30 23:10:32
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