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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 加热区域问题
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追梦2016

铜虫 (小有名气)

[求助] 加热区域问题 已有1人参与

我想计算加热区域对距离热源不同位置的原子势能的影响程度，求相关lammps范例，谢谢。
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只要肯学，没有学不会的
1楼 2016-07-26 21:22:39
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
追梦2016: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-07-28 09:20:27
Thermostatting Regions in LAMMPS
四行命令实现：
fix hot_rescale all temp/rescale 10 3.0 3.0 0.0001 1.0
region hot block 0 10 0 20 0 20 units box
compute hot_temp all temp/region hot
fix_modify hot_rescale temp hot_temp

详见：
https://niallpjackson.wordpress. ... -regions-in-lammps/
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2楼2016-07-27 05:10:31
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追梦2016

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-07-27 05:10:31
Thermostatting Regions in LAMMPS
四行命令实现：
fix hot_rescale all temp/rescale 10 3.0 3.0 0.0001 1.0
region hot block 0 10 0 20 0 20 units box
compute hot_temp all temp/region hot
fix_modify h ...

您好，首先感谢您提供的这个例子，关于这个例子有个问题，就是下图中为什么用all呢，因为我想计算的是某一组原子中，加热某一区域原子，观察这个温度对周围原子的影响，如果用all的话，是不是对整个组进行加热了？
加热区域问题
QQ截图20160727093847.png
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只要肯学，没有学不会的
3楼2016-07-27 09:47:30
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追梦2016

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-07-27 05:10:31
Thermostatting Regions in LAMMPS
四行命令实现：
fix hot_rescale all temp/rescale 10 3.0 3.0 0.0001 1.0
region hot block 0 10 0 20 0 20 units box
compute hot_temp all temp/region hot
fix_modify h ...

还有个问题 ，就是我用的下面的命令：
region           jiare block 0 30 0 5 0 30
......
fix              1 all nve
fix              hot_rescale all temp/rescale 10 300.0 300.0 0.01 300.0
compute          hot_temp all temp/region jiare
fix_modify       hot_rescale temp hot_temp
但运行的结果显示了：computed temperature for fix temp/rescale cannot be 0.0的错误，这个是什么原因造成的呢？谢谢
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只要肯学，没有学不会的
4楼2016-07-27 11:02:27
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 追梦2016 at 2016-07-26 19:47:30
您好，首先感谢您提供的这个例子，关于这个例子有个问题，就是下图中为什么用all呢，因为我想计算的是某一组原子中，加热某一区域原子，观察这个温度对周围原子的影响，如果用all的话，是不是对整个组进行加热了？ ...

至于为什么用all：
楼主不必担心，fix_modify 会把这个fix中计算temp的方式进行修正的。欲知详情，可以看看code
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5楼2016-07-28 01:56:44
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 追梦2016 at 2016-07-26 21:02:27
还有个问题 ，就是我用的下面的命令：
region           jiare block 0 30 0 5 0 30
......
fix              1 all nve
fix              hot_rescale all temp/rescale 10 300.0 300.0 0.01 300.0
compute  ...

看看你的初始速度是否为0？又是值region内部原子的。
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6楼2016-07-28 01:57:21
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追梦2016

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by alundilong at 2016-07-28 01:57:21
看看你的初始速度是否为0？又是值region内部原子的。...

嗯嗯。对了，还想请教您个问题，就是我能否一下子将温度加到某个值呢？我想模拟恒温下原子的变化情况，但每次都是温度从140多度慢慢加热到一定温度的。
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只要肯学，没有学不会的
7楼2016-07-28 09:20:01
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alundilong

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 追梦2016 at 2016-07-27 19:20:01
嗯嗯。对了，还想请教您个问题，就是我能否一下子将温度加到某个值呢？我想模拟恒温下原子的变化情况，但每次都是温度从140多度慢慢加热到一定温度的。...

问题1:可以
问题2:不知道你在说啥。。。

发自小木虫IOS客户端
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8楼2016-07-28 11:35:59
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