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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 求助 （已知遗传距离矩阵，怎么进行聚类分析）
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蔓菁

金虫 (正式写手)

[交流] 求助 （已知遗传距离矩阵，怎么进行聚类分析）

已知遗传距离矩阵：
如Genotype 全矩阵：
              2410          32_           4484             4594          4607            4632
2410        0.0000        0.8990        1.1882        1.1626        1.1843        1.2103
32_           0.8990        0.0000        0.6783        0.7261        0.9291        1.0177
4484        1.1882        0.6783        0.0000        0.2009        0.4018        0.2703
4594        1.1626        0.7261        0.2009        0.0000        0.2641        0.1736
4607        1.1843        0.9291        0.4018        0.2641        0.0000        0.2181
4632        1.2103        1.0177        0.2703        0.1736        0.2181        0.0000

或者半矩阵：
                   V2410                       V4484                        Bogra            Cypress
V2410        0                       
V4484        0.657608696        0               
Bogra        0.575688073        0.552197802        0       
Cypress        0.860294118        0.885057471        0.919117647        0

请问用什么软件进行聚类分析？
SAS？ DARwin？ 还是NTSYS pc？

请大侠赐教！

谢谢
我的email是 mhuang@cgiar.org

[ Last edited by 蔓菁 on 2008-11-13 at 10:44 ]
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1楼 2008-11-12 20:43:09
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蔓菁

金虫 (正式写手)
怎么没有人理睬啊？唔唔唔唔唔唔唔……
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2楼2008-11-13 10:45:25
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chibingjie

我只会用mega4聚类，你试试。
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3楼2008-11-13 16:01:21
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蔓菁

金虫 (正式写手)
没用过  好用不?

谢谢
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4楼2008-11-13 16:30:06
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shinevip

木虫 (正式写手)
matlab聚类还不错

[ Last edited by shinevip on 2008-11-13 at 20:05 ]
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5楼2008-11-13 19:45:24
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蔓菁

金虫 (正式写手)
请问有使用说明书不？  怎么将我发的那种矩阵做聚类分析？

谢谢
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6楼2008-11-13 20:35:19
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shinevip

木虫 (正式写手)
编过这方面的一个小程序,就用你的数据画了上面的图.
但不清楚其它生物信息学软件用的什么算法.
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7楼2008-11-13 20:50:20
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