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congzeng

铁虫 (初入文坛)

[求助] 454测序和illumina数据挖掘 已有1人参与

我现在手头上有同一个物种(基因组大小约为500MB)的illuminaNGS(6个个体混合测序,400MB)和3个454测序的数据(大约250MB,平均长度700-900bp),没有refernce genome,请问可以全基因组装么?如果不可以,请问除了SNP,SSR开发和线粒体组装还可以做什么分析?小弟,新手还请不吝赐教。
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
congzeng: 金币+10, 有帮助 2016-07-26 06:09:53
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-07-26 08:43:22
组装draft genome是可以的,即使没有reference。不过感觉你这个是真核的吧可能不会太好装
2楼2016-07-25 19:56:07
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congzeng

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-07-25 19:56:07
组装draft genome是可以的,即使没有reference。不过感觉你这个是真核的吧可能不会太好装

恩,真核为什么不好装啊?
3楼2016-07-26 06:09:28
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by congzeng at 2016-07-26 06:09:28
恩,真核为什么不好装啊?...

因为有内含子
4楼2016-07-26 16:02:44
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congzeng

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-07-26 16:02:44
因为有内含子...

对哦,忘记了

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-07-26 18:54:18
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幸运児

新虫 (正式写手)

6楼2018-11-21 00:53:17
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