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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 454测序和illumina数据挖掘
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congzeng

铁虫 (初入文坛)

[求助] 454测序和illumina数据挖掘 已有1人参与

我现在手头上有同一个物种（基因组大小约为500MB）的illuminaNGS(6个个体混合测序，400MB)和3个454测序的数据（大约250MB,平均长度700-900bp)，没有refernce genome，请问可以全基因组装么？如果不可以，请问除了SNP，SSR开发和线粒体组装还可以做什么分析？小弟，新手还请不吝赐教。
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1楼 2016-07-25 10:05:06
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
congzeng: 金币+10, ★有帮助 2016-07-26 06:09:53
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-07-26 08:43:22
组装draft genome是可以的，即使没有reference。不过感觉你这个是真核的吧可能不会太好装
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2楼2016-07-25 19:56:07
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congzeng

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-07-25 19:56:07
组装draft genome是可以的，即使没有reference。不过感觉你这个是真核的吧可能不会太好装

恩，真核为什么不好装啊？
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3楼2016-07-26 06:09:28
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by congzeng at 2016-07-26 06:09:28
恩，真核为什么不好装啊？...

因为有内含子
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4楼2016-07-26 16:02:44
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congzeng

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-07-26 16:02:44
因为有内含子...

对哦，忘记了

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5楼2016-07-26 18:54:18
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幸运児

新虫 (正式写手)
请教导师吧

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6楼2018-11-21 00:53:17
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