| 查看: 1598 | 回复: 3 | ||
[求助]
急求关于lammps中运行neb时脚本的修改
|
各位大神，帮帮忙！本人小硕一枚，近期实验室刚建好一个小计算基地，用来实验室做MD和第一原理的计算。本人现从事MD模拟，近期想用这个计算一个迁移能垒。所以就用LAMMPS安装包里的例子“in.neb.sivac”，以下是pbs提交脚本。在计算过程中一直出现：cann't use NEB with a single replica。查找了手册manual，发现在例子下的README中有：Run these examples as: mpirun -np 3 lmp_linux -partition 3x1 -in in.neb.sivac。所以我试了几次修改pbs脚本，但是一直运行不了。所以现在来小木虫求助，望各位大神伸出援助之手，不甚感激 。求指导如何修改？！（p.s.：以下是我之前运行的脚本）#!/bin/bash #PBS -N lammps #PBS -q blade #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -j oe ############### setting ############### EXEC=/public/software/apps/lammps/lmp_mpi NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` INPUT_FILE=./in.neb.sivac OUTPUT_LOG=${PBS_O_WORKDIR}/out.log source /public/software/profile.d/compiler_intel-composer_xe_2015.2.164.sh source /public/software/profile.d/mpi_openmpi-1.8.5-intel.sh ############### running ############### cd ${PBS_O_WORKDIR} echo "Start Time is: " `date` > ${OUTPUT_LOG} echo "Total CPU cores is: " `cat ${PBS_NODEFILE}|wc -l` >> ${OUTPUT_LOG} echo "List of CPU cores is: " `cat ${PBS_NODEFILE}` >> ${OUTPUT_LOG} mpirun -np ${NP} -machinefile ${PBS_NODEFILE} --mca btl self,sm,openib --bind-to core $EXEC < ${INPUT_FILE} >> ${OUTPUT_LOG} echo "End Time is: " `date` >> ${OUTPUT_LOG} |
回复此楼» 猜你喜欢
面上合作单位盖章
已经有8人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有15人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有7人回复
-
哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识
已经有7人回复
2楼2016-07-26 14:03:49
3楼2017-01-15 10:56:24
杨and王
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1710.1
- 帖子: 36
- 在线: 28.5小时
- 虫号: 4659848
- 注册: 2016-05-05
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的微观结构
4楼2017-05-09 21:26:41
20
投票:
