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[求助]
急求关于lammps中运行neb时脚本的修改
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各位大神，帮帮忙！本人小硕一枚，近期实验室刚建好一个小计算基地，用来实验室做MD和第一原理的计算。本人现从事MD模拟，近期想用这个计算一个迁移能垒。所以就用LAMMPS安装包里的例子“in.neb.sivac”，以下是pbs提交脚本。在计算过程中一直出现：cann't use NEB with a single replica。查找了手册manual，发现在例子下的README中有：Run these examples as: mpirun -np 3 lmp_linux -partition 3x1 -in in.neb.sivac。所以我试了几次修改pbs脚本，但是一直运行不了。所以现在来小木虫求助，望各位大神伸出援助之手，不甚感激 。求指导如何修改？！（p.s.：以下是我之前运行的脚本）#!/bin/bash #PBS -N lammps #PBS -q blade #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -j oe ############### setting ############### EXEC=/public/software/apps/lammps/lmp_mpi NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` INPUT_FILE=./in.neb.sivac OUTPUT_LOG=${PBS_O_WORKDIR}/out.log source /public/software/profile.d/compiler_intel-composer_xe_2015.2.164.sh source /public/software/profile.d/mpi_openmpi-1.8.5-intel.sh ############### running ############### cd ${PBS_O_WORKDIR} echo "Start Time is: " `date` > ${OUTPUT_LOG} echo "Total CPU cores is: " `cat ${PBS_NODEFILE}|wc -l` >> ${OUTPUT_LOG} echo "List of CPU cores is: " `cat ${PBS_NODEFILE}` >> ${OUTPUT_LOG} mpirun -np ${NP} -machinefile ${PBS_NODEFILE} --mca btl self,sm,openib --bind-to core $EXEC < ${INPUT_FILE} >> ${OUTPUT_LOG} echo "End Time is: " `date` >> ${OUTPUT_LOG} |
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杨and王
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