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wangzhikun

金虫 (小有名气)

[求助] 请教一个关于lammps做dpd计算的问题,谢谢大家

大家好,我用lammps做聚合物的dpd模拟研究的,遇到一个问题,第一张图所示为采用moltemplate构建的初始模型,构建过程中分子的化学键长度设置为7.66,盒子尺寸250*250*250(实际值为键长7.66埃,盒子边长250埃),在x方向我放了三个聚合物分子。然而在进行dpd模拟的过程中,聚合物分子尺寸自动收缩,如第二张图所示,化学键长度减小到了1.0左右,我采用的是pair_style dpd + bond来设置珠子之间的力场参数,并进行模拟NVT系综控温模拟。第三、四张图为我的data文件和in文件。请问大家,我的问题到底出在哪里呢?
这个问题困扰我好久了,请大家施以援手,必有金币重谢,感激不尽!

请教一个关于lammps做dpd计算的问题,谢谢大家
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微笑,便是最好的生活态度。
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wangzhikun

金虫 (小有名气)

自己回复一下,是因为data文件中 LJ 单位和real单位混淆了,使用moltemplate构建模型过程中也应该使用 LJ 单位。
微笑,便是最好的生活态度。
2楼2016-07-22 11:50:59
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xingzhimeng

新虫 (初入文坛)

你好,我接触lammps不久,很抱歉不能回答你遇到的问题,但我想向你请教一个问题:我现在想用lammps做粗粒化模型,想问一下用moltemplate建好的初始模型如何转化为lammps可读的文件呢,希望能早日看到您的回复,非常感谢!
3楼2016-07-27 16:55:08
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