24小时热门版块排行榜    

查看: 3049  |  回复: 2

wangzhikun

金虫 (小有名气)

[求助] 请教一个关于lammps做dpd计算的问题,谢谢大家

大家好,我用lammps做聚合物的dpd模拟研究的,遇到一个问题,第一张图所示为采用moltemplate构建的初始模型,构建过程中分子的化学键长度设置为7.66,盒子尺寸250*250*250(实际值为键长7.66埃,盒子边长250埃),在x方向我放了三个聚合物分子。然而在进行dpd模拟的过程中,聚合物分子尺寸自动收缩,如第二张图所示,化学键长度减小到了1.0左右,我采用的是pair_style dpd + bond来设置珠子之间的力场参数,并进行模拟NVT系综控温模拟。第三、四张图为我的data文件和in文件。请问大家,我的问题到底出在哪里呢?
这个问题困扰我好久了,请大家施以援手,必有金币重谢,感激不尽!

请教一个关于lammps做dpd计算的问题,谢谢大家
1.png


请教一个关于lammps做dpd计算的问题,谢谢大家-1
2.png


请教一个关于lammps做dpd计算的问题,谢谢大家-2
4.png


请教一个关于lammps做dpd计算的问题,谢谢大家-3
0000.png
回复此楼
微笑,便是最好的生活态度。
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangzhikun

金虫 (小有名气)

自己回复一下,是因为data文件中 LJ 单位和real单位混淆了,使用moltemplate构建模型过程中也应该使用 LJ 单位。
微笑,便是最好的生活态度。
2楼2016-07-22 11:50:59
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingzhimeng

新虫 (初入文坛)

你好,我接触lammps不久,很抱歉不能回答你遇到的问题,但我想向你请教一个问题:我现在想用lammps做粗粒化模型,想问一下用moltemplate建好的初始模型如何转化为lammps可读的文件呢,希望能早日看到您的回复,非常感谢!
3楼2016-07-27 16:55:08
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangzhikun 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 不应该看fileCode +5 且听虎啸 2026-08-12 5/250 2026-08-12 16:19 by 云上清扬
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 35/1750 2026-08-12 14:38 by sdfapple719
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
信息提示
请填处理意见