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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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natureding

银虫 (正式写手)

[求助] 水稻的一个蛋白质做酵母双杂筛选,筛选到的互作蛋白是 真菌的,但是具体的菌种不知道 已有1人参与

水稻的一个蛋白质做酵母双杂筛选,筛选到的互作蛋白是 真菌、细菌的。把序列放在ncbi搜索,没有完全匹配的序列,比较相近的是真菌或细菌的。请问怎么知道具体是哪种菌呢?另外我做的文库是根组织的,这是否意味着我做的蛋白跟植物和细菌的互作有关系?

向大神请教!!!!!!!!!
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natureding

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by brightfuture01 at 2016-07-17 13:22:50
你的结论是正确的,水稻根部有很多内生菌,既有细菌也有真菌。因为这些菌基本上都是不可以像E.coli那样获得纯培养的,所以研究比较少。只有metagenomic方面的研究才会获得一些序列方面的信息。

所以,你的这个想 ...

非常感谢!
3楼2016-07-17 21:31:17
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
natureding: 金币+25, ★★★★★最佳答案, 感谢! 2016-07-17 21:31:15
natureding: 金币+25, ★★★★★最佳答案 2016-08-12 15:55:14
你的结论是正确的,水稻根部有很多内生菌,既有细菌也有真菌。因为这些菌基本上都是不可以像E.coli那样获得纯培养的,所以研究比较少。只有metagenomic方面的研究才会获得一些序列方面的信息。

所以,你的这个想获得相互作用的确切菌种非常困难,只能根据序列比对信息得到一个“此蛋白在根部参与和共生细菌和真菌相互作用”这样的结论。

首都师范大学微生物系有两位教授做这方面的研究,你可以拿你的问题给他们发邮件进一步讨论。其中一个是宋未教授,另一个记不太起来了,你自己找找看。

祝实验顺利。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2016-07-17 13:22:50
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