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natureding银虫 (正式写手)
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水稻的一个蛋白质做酵母双杂筛选，筛选到的互作蛋白是 真菌的，但是具体的菌种不知道 已有1人参与
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水稻的一个蛋白质做酵母双杂筛选，筛选到的互作蛋白是 真菌、细菌的。把序列放在ncbi搜索，没有完全匹配的序列，比较相近的是真菌或细菌的。请问怎么知道具体是哪种菌呢？另外我做的文库是根组织的，这是否意味着我做的蛋白跟植物和细菌的互作有关系？ 向大神请教！！！！！！！！！ |
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natureding
银虫 (正式写手)
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3楼2016-07-17 21:31:17
brightfuture01
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
natureding: 金币+25, ★★★★★最佳答案, 感谢！ 2016-07-17 21:31:15
natureding: 金币+25, ★★★★★最佳答案 2016-08-12 15:55:14
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你的结论是正确的，水稻根部有很多内生菌，既有细菌也有真菌。因为这些菌基本上都是不可以像E.coli那样获得纯培养的，所以研究比较少。只有metagenomic方面的研究才会获得一些序列方面的信息。 所以，你的这个想获得相互作用的确切菌种非常困难，只能根据序列比对信息得到一个“此蛋白在根部参与和共生细菌和真菌相互作用”这样的结论。 首都师范大学微生物系有两位教授做这方面的研究，你可以拿你的问题给他们发邮件进一步讨论。其中一个是宋未教授，另一个记不太起来了，你自己找找看。 祝实验顺利。 |
2楼2016-07-17 13:22:50