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dolphin100

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】光棍节里光棍求助! 看在光棍节的面子上帮帮我吧

对面的MM可否过来帮帮忙! 旁边的哥们兄弟也捧场支持以下! 感谢感谢!
用Discovery跑的MD,如何从轨迹文件里计算得到各个构象自由能情况吗?大家怎么计算自由能的?用insightII可以直接计算分析得到自由能变化情况吗? 还是需要通过其他软件得到!

[ Last edited by dolphin100 on 2008-11-11 at 13:29 ]
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★
spur(金币+3,VIP+0):^_^ 谢谢帮助!!
InsightII是基于力场的,他可以给出此构象的动能,势能(范德华,静电,分子内能等),但无法给出自由能变。
现在的自由能计算方法有自由能微扰,热力学积分等方法,在我遇到的情况里是只有分子对接需要计算自由能变化的,不知道你是出于什么目的而需要这个自由能变。说的准确吗?我不太清楚你的问题
不过我想分析MD的话,有了势能,动能数值已经足够了吧
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-11-12 10:01:18
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dolphin100

木虫 (正式写手)

哦, 我是想通过动力学轨迹,找到各个构象转变过程中的最稳定构象, 最好能找到自由能垒里的鞍点,也就是希望能找到过渡态. 我看很多文章,都是计算自由能的, 他能很容易地显示出构象转变的路径与特征.
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2008-11-12 20:12:12
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