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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 分析 » 数据分析 » XCMS对质谱图进行数据提取分析时，能不能分段设置参数？
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kevinrowe

金虫 (著名写手)

[求助] XCMS对质谱图进行数据提取分析时，能不能分段设置参数？ 已有2人参与

如题。各时间段的峰宽什么的都有差异，如果统一设置参数的话可能会影响结果可靠性。是否可以分段设置参数？求大神
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1楼 2016-07-10 13:39:50
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cyr001

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kevinrowe: 金币+2, ★有帮助 2016-09-11 17:11:27
kevinrowe: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-09-11 17:20:27
不能，建议你用你数据采集所使用仪器的公司出的软件来分析数据。
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2楼2016-07-11 08:11:35
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applelover

新虫 (小有名气)
你是在peak picking 有问题还是alignment有问题？ peak picking 用centwave，先是mass domain然后是chromatogrophy domain，在peakwidth参数里，设置一个峰宽的区间。 如果是非常宽的峰，很有可能xcms 最后peaktable里好多个feature其实来自一个峰，也OK啊，后面你会用CAMERA或者其他的软件对features进行annotation就好了。
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3楼2016-09-06 01:32:40
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奔跑的萝卜丝

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
kevinrowe: 金币+6, ★有帮助 2016-09-11 17:20:34
分段设置参数是的不可以的，可以先对质谱图进行手动预处理，以大概确定峰宽范围和保留时间偏移量，然后对参数进行设置

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4楼2016-09-11 17:19:25
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