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zycz138至尊木虫 (正式写手)
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请教结合能的计算 已有1人参与
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请教各位大神，我想计算血红素上下两个片段分别对血红素的结合能贡献（ΔE），故我首先定义了三个片段，分别为片段1（红），片段2（绿）和片段3（蓝）见附件图片，在关键词加入counterpoise=3计算。现在计算结束了，但是我看不懂结果文件中各能量项的意义，我搜过百度和小木虫，都说还有全基组下的单体能量，我在结果文件中就找不到这个，所以没办法计算两个片段分别对HEME的结合能。 Counterpoise corrected energy = -1760.904052702683 （这个我知道应该是体系经过BSSE校正后的总能量） BSSE energy = 0.017740877260 sum of monomers = -1760.839482246357 （所有三个片段的能量之和？） complexation energy = -51.65 kcal/mole (raw) （这个是两个片段对HEME总的配位能吗？绝对能量还是能量变化值ΔE？） complexation energy = -40.52 kcal/mole (corrected) （这个是经过BSSE校正后两个片段对HEME总的配位能吗？如果是的话我想知道一个咪唑片段对HEME的结合能的话应该如何计算？这个值是绝对能量还是能量变化？） 另外，如果我想分别计算蛋白配体复合物中，蛋白活性位点附近的所有氨基酸残基对其中结合的小分子结合能贡献，比如十个残基一个小分子，是不是就得定义11个片段，然后再计算BSSE校正的结合能？  heme.jpg |
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laozhang1995
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