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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 使用gview进行oniom运算
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arelius

新虫 (初入文坛)

[求助] 使用gview进行oniom运算 已有1人参与

求问使用gview进行oniom运算时怎样在不同层的连接处添加氢原子？如何用在gview中用oniom模拟蛋白质和小分子之间的反应？
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1楼 2016-07-07 22:27:22
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Adiland

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果你一定要加的话也不是不能加，不过我感觉这个不应该加吧。
ONIOM计算的时候是按照某种顺序计算的，高斯计算其中高层的时候会默认在高层外面用H原子饱和然后计算能量，所以如果你是在某些关于ONIOM的理论的英文文献中看到类似的语句的话应该是理解有误。
我们这边有用ONION做分子筛的，也有用蛋白质残基做蛋白质反应的，感觉上可以按照相应的方法把ONIOM套用在蛋白质上面，至于高层的选取则完全是经验的问题，一般将反应活性位点及周围原子选作高层，然后按照离活性位点远近来使用不同的基组，将距离较远的原子放在低层。
唯一需要注意的一点是高层和底层的连接必须要处理好，因为如果不加geom=connectivity这个关键词高斯计算的时候会完全按照距离远近自行连接从而导致出错。
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2楼2016-07-08 09:06:01
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arelius

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Adiland at 2016-07-08 09:06:01
如果你一定要加的话也不是不能加，不过我感觉这个不应该加吧。
ONIOM计算的时候是按照某种顺序计算的，高斯计算其中高层的时候会默认在高层外面用H原子饱和然后计算能量，所以如果你是在某些关于ONIOM的理论的英文 ...

请问处理高层和底层的连接时只要加geom=connectivity这个关键词就可以了吗？
http://wenku.baidu.com/link?url=zBlztKjJYzMQsL_AECY-v3MvWsFzooG2EaIhaBjZHD6Q8EbQYVErfcy8QPKZMlKt2o8k6QEiTV4a7lmCeghK-aLXbiUvziyzJj2r1QvVqVi
上面这个教程里在处理高层和低层连接时在两个c原子之间加上了H，我在gview上试过，如果不加氢程序会报错。如果一定要加的话，有没有什么方便的操作方法？在坐标文件里添加太麻烦了。
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3楼2016-07-08 10:23:24
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Adiland

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by arelius at 2016-07-08 10:23:24
请问处理高层和底层的连接时只要加geom=connectivity这个关键词就可以了吗？
http://wenku.baidu.com/link?url=zBlztKjJYzMQsL_AECY-v3MvWsFzooG2EaIhaBjZHD6Q8EbQYVErfcy8QPKZMlKt2o8k6QEiTV4a7lmCeghK-aLXbiUvz ...

试体系而定吧，我这边之前算过分子筛中的反应，都不需要加H什么的，感觉上这个不加会报错是因为多重度什么的变化的原因，不过ONIOM在写输入文件的时候可以给出三组不同的多重度，这样就不会报错了。另外需要注意的是高层连接低层的时候每个低层最多只能连一个高层，不然会报错。这也是为什么我说要加geom那个指令的原因。
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4楼2017-06-05 10:50:20
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