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wlm0917

银虫 (正式写手)

[交流] 进化树建不好,求助 已有9人参与

如图。为什么我建得进化树是这样的? 数字都好小啊,数据来源是http://www.ezbiocloud.net/相似度都是大于90%的,怎么改。求助

进化树建不好,求助
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ls2046

铁杆木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by langyouxia at 2016-07-06 14:46:46
不是序列太远吗?越近相似度越好吧...

既然是树,当然要有枝,有干,有根,所以才叫树。那么从根到枝,就需要序列具有从远至近的不同的相似度,也才能做出比较科学的系统进化“树”。
一品黄山
5楼2016-07-06 16:38:38
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416114799

至尊木虫 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
两个问题。一,左边的数字表示二者并一起的可靠性,而不是相似性。最低要60偶尔50多个别更低也可以。二,建树序列长短要尽量一致。网上比对相似性是根据彼此重叠部分来比的。你挑个序列长短900bp一个1500bp出来就是这结果。其实还有一种可能,是否你这些序列方向都一致?用DNAMAN把他们打开比对试试。

发自小木虫IOS客户端
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
8楼2016-07-08 07:38:44
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普通回帖

枚的回忆

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
试试重新选择菌株再做
2楼2016-07-06 09:59:29
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ls2046

铁杆木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
选的序列太近了,选远点试试。
一品黄山
3楼2016-07-06 12:38:32
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langyouxia

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by ls2046 at 2016-07-06 12:38:32
选的序列太近了,选远点试试。

不是序列太远吗?越近相似度越好吧
4楼2016-07-06 14:46:46
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陈楠19920225

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不是应该越到树枝时相似度越大吗?你这个怎么越来越小了?

发自小木虫Android客户端
6楼2016-07-07 18:04:43
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陈楠19920225

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我过几天也要建树,这几天忙着考试呢。我听学姐说,blast对比完之后,可以选一些相似度高的序列建树。整体还要加个相似度小的为外源吧,我记得是。怎么关注这个帖子啊,我接下来也要做,想学学

发自小木虫Android客户端
7楼2016-07-07 18:08:37
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疯狂的菜鸟

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
确定序列方向一致,选择ML算法试试
9楼2016-07-08 11:38:24
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布娃娃5250

金虫 (正式写手)

我就是我
10楼2016-07-08 12:16:24
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