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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 用DMol3进行计算时候，出现no cosmo surface found错误
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lizhengtctc

铁虫 (小有名气)

[求助] 用DMol3进行计算时候，出现no cosmo surface found错误

用DMol3进行计算时候，选Use solvation model选项，选择水溶液中进行运算，出现no cosmo surface found错误，如果不选就能正常运算。
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1楼 2016-07-04 17:25:59
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lizhengtctc

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-07-05 19:55:59
有可能你的体系有元素没有溶剂化半径的定义，程序有可能会给个默认的值，但这个值其实并不是个可靠的值，导致cosmo surface出现问题。需要小心，cosmo模型下面有溶剂化半径的定义的元素只是少数。

量子化学的程序 ...

的确出现了Warning: cosmo-radius for Al has not been validated yet
这个信息，如果这样的话是不是不能用DMol3来计算？还是可以自己定义溶剂化半径？这些相关参数能查找到吗？谢谢。
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3楼2016-07-06 15:21:06
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
有可能你的体系有元素没有溶剂化半径的定义，程序有可能会给个默认的值，但这个值其实并不是个可靠的值，导致cosmo surface出现问题。需要小心，cosmo模型下面有溶剂化半径的定义的元素只是少数。

量子化学的程序支持溶剂化计算的几乎大部分都会有个溶剂化半径的概念，现在有些第一性原理的程序支持无溶剂化半径的方法，如vasp的vaspsol和quantum espresso的environ都支持这样的方法。

如果你的计算不需要取得cosmo的sigma-profile的话，可以考虑上面两种。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2016-07-05 19:55:59
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by lizhengtctc at 2016-07-06 15:21:06
的确出现了Warning: cosmo-radius for Al has not been validated yet
这个信息，如果这样的话是不是不能用DMol3来计算？还是可以自己定义溶剂化半径？这些相关参数能查找到吗？谢谢。...

可以是可以，如你所说，需要一个reasonable的溶剂化半径。常规的C、H、N、O等元素大部分情况都是根据Bondi半径来作为溶剂化半径，但对于其他元素，这很难说。如果不是非得要COSMO模型的话，的话建议考虑其他溶剂化模型，最方便的就是上面提到的不需要参考溶剂化半径的那些溶剂化方法。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2016-07-06 15:43:48
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