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过渡态的虚频多于一个怎么办？ 已有3人参与
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| 看实验室的mannual上说，最后dimer算出来的过渡态需要进行虚频验证，如果只有一个虚频且是反应发生的方向，即可认为是过渡态。但是我算出来的有两个虚频，如果不算过渡态的话，下一步该怎么办呢？从哪一部开始重新算并且修改什么参数呢？ |
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6楼2016-07-05 00:33:10
【答案】应助回帖
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如果只是消一个虚频，可以在Gaussview里面进行，首先用Gview打开输出文件，然后在结果里面查看频率，随后在弹出的Display Vibrations窗口中选择想要消掉的虚频，在窗口的最下方找到Manual Displacement这个滑竿，调整滑竿到某一指数，这个数值一般由经验决定，网上一般说是0.1或0.5什么的，我是做小分子的，一般是调整到1，对于特定的体系可能有合适的参数。最后点击滑竿右边的Save Structure，然后就会弹出一个新的画着分子的窗口，保存一下这个结构重新优化就行了。对于一些对称性比较低的分子，有时候需要在滑竿上面调整到正负两个方向分别。 对于需要消很多虚频的时候这种方法有时会不可靠。这个时候就需要手动改坐标，具体操作如下：在输出文件中找到分子的坐标，也就是优化结束后的标记有Standard orientation的地方，要注意一定是优化结束位置的那个。然后把相应位置的坐标按照x,y,z三列贴到Excel里面。再向下找到频率计算的部分，每一个频率下面都有相应的类似坐标的东西，把想要消掉的虚频按照同样的方法贴到Excel里面，然后将这些虚频的坐标乘以一个系数（这个系数也是因体系而已，我一般直接设到1，出错了再调成0.5或更小，根据情况也可能需要设置成负值）然后用Excel将这些数据加到一起变成一组坐标，用这组坐标重新优化就可以了。 PS：小木虫论坛没有回复通知大差评。 |
10楼2017-06-02 09:08:12
charmingstar
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2楼2016-07-04 06:23:50
3楼2016-07-04 18:16:46
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4楼2016-07-04 21:31:07
5楼2016-07-04 23:33:35
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9楼2016-07-08 16:33:51
20