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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎样把基因序列转换成氨基酸序列
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见神一笑

木虫 (著名写手)

[求助] 怎样把基因序列转换成氨基酸序列 已有2人参与

我有一个基因序列文件，每条序列都是已经预测好的基因。现在的问题是，有没有哪种软件或者脚本，可以识别基因序列是正链还是负链，然后把正链直接转换成对应的氨基酸序列，如果是负链，则把反向互补序列转换成氨基酸序列？我试过Bioedit和DNAman，软件不能识别正负链，需要人工一个一个去识别，费时又费力。
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好好努力
1楼 2016-06-28 12:32:40
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-06-30 07:33:05
xn8008: 应助指数+1 2016-06-30 07:52:21
扔RAST里注释，会产生一堆结果，有个EXCEL可以打开的表里面结果你要+ - 蛋白序列都有
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2楼2016-06-28 17:10:39
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-06-28 17:10:39
扔RAST里注释，会产生一堆结果，有个EXCEL可以打开的表里面结果你要+ - 蛋白序列都有

我居然把RAST忘了。。。多谢！
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好好努力
3楼2016-06-29 16:35:31
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Isaac Li

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2016-06-29 17:10:43
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Isaac Li at 2016-06-29 17:10:43
BLAST一下就好啊
NCBI上就可以

本地blast吗？我试了下好像不行

发自小木虫Android客户端
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好好努力
5楼2016-06-29 18:05:46
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ygidtu

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-06-30 07:33:42
xn8008: 应助指数+1 2016-06-30 07:52:29
blast不是有五种算法么，用核酸比蛋白的那个理论上应该是找出相似序列，不是你的转化成蛋白的各种可能序列

发自小木虫Android客户端
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6楼2016-06-29 22:20:32
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 见神一笑 at 2016-06-29 18:05:46
本地blast吗？我试了下好像不行
...

blast不是干这个用的。

另外有个比较麻烦的办法，就是做基因组比对，最后有个图（比如circos）
然后图上会有正负

可能写个简单的小脚本，利用一下reverse_complement相关if else判断一下就可以了
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7楼2016-06-30 00:57:17
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-06-30 00:57:17
blast不是干这个用的。

另外有个比较麻烦的办法，就是做基因组比对，最后有个图（比如circos）
然后图上会有正负

可能写个简单的小脚本，利用一下reverse_complement相关if else判断一下就可以了...

我还没学脚本语言，所以暂时不会写脚本。。。求脚本
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好好努力
8楼2016-07-01 14:03:25
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bright8

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

http://web.expasy.org/translate/很多在线的网站都可以了，给你推荐一个吧。还有很多软件都行了，primer5.0 DNA MAN,DNA START等都行。
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9楼2016-07-03 15:50:13
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牧野雨泽

新虫 (初入文坛)
请请教下楼主这个问题是怎样解决的？我也面对这个问题，关键是还是分子生物新手，，，
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10楼2018-01-25 00:04:52
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