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见神一笑

木虫 (著名写手)

[求助] 怎样把基因序列转换成氨基酸序列 已有2人参与

我有一个基因序列文件,每条序列都是已经预测好的基因。现在的问题是,有没有哪种软件或者脚本,可以识别基因序列是正链还是负链,然后把正链直接转换成对应的氨基酸序列,如果是负链,则把反向互补序列转换成氨基酸序列?我试过Bioedit和DNAman,软件不能识别正负链,需要人工一个一个去识别,费时又费力。
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好好努力
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-06-30 07:33:05
xn8008: 应助指数+1 2016-06-30 07:52:21
扔RAST里注释,会产生一堆结果,有个EXCEL可以打开的表里面结果你要+ - 蛋白序列都有
2楼2016-06-28 17:10:39
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见神一笑

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-06-28 17:10:39
扔RAST里注释,会产生一堆结果,有个EXCEL可以打开的表里面结果你要+ - 蛋白序列都有

我居然把RAST忘了。。。多谢!
好好努力
3楼2016-06-29 16:35:31
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Isaac Li

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

4楼2016-06-29 17:10:43
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见神一笑

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Isaac Li at 2016-06-29 17:10:43
BLAST一下就好啊
NCBI上就可以

本地blast吗?我试了下好像不行

发自小木虫Android客户端
好好努力
5楼2016-06-29 18:05:46
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ygidtu

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-06-30 07:33:42
xn8008: 应助指数+1 2016-06-30 07:52:29
blast不是有五种算法么,用核酸比蛋白的那个理论上应该是找出相似序列,不是你的转化成蛋白的各种可能序列

发自小木虫Android客户端
6楼2016-06-29 22:20:32
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 见神一笑 at 2016-06-29 18:05:46
本地blast吗?我试了下好像不行
...

blast不是干这个用的。

另外有个比较麻烦的办法,就是做基因组比对,最后有个图(比如circos)
然后图上会有正负

可能写个简单的小脚本,利用一下reverse_complement相关if else判断一下就可以了
7楼2016-06-30 00:57:17
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见神一笑

木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-06-30 00:57:17
blast不是干这个用的。

另外有个比较麻烦的办法,就是做基因组比对,最后有个图(比如circos)
然后图上会有正负

可能写个简单的小脚本,利用一下reverse_complement相关if else判断一下就可以了...

我还没学脚本语言,所以暂时不会写脚本。。。求脚本
好好努力
8楼2016-07-01 14:03:25
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bright8

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

http://web.expasy.org/translate/很多在线的网站都可以了,给你推荐一个吧。还有很多软件都行了,primer5.0 DNA MAN,DNA START等都行。
9楼2016-07-03 15:50:13
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牧野雨泽

新虫 (初入文坛)

请请教下楼主这个问题是怎样解决的?我也面对这个问题,关键是还是分子生物新手,,,
10楼2018-01-25 00:04:52
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