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鲁冰花语

新虫 (小有名气)

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[求助] complete genome与 draft genome 已有1人参与

请教一下大家，complete genome与 draft genome的区别，详细一点的。

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1楼 2016-06-27 16:47:58

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黑藻先生

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

测序后是一堆contigs 然后进行组装（碎片-大片段）然后进行scaffolding（大片段-更大的片段+缺失部分可能就是NNNNNNNN填充（表示这块应该有这么些核苷酸但是不知道是什么））
根据测序的质量高低导致最后结果的coverage不一样，并且在组装的时候一些很小很小很小的碎片可能会被滤掉
通过这样的方法得到的基因组是draft （还有缺失但是已有的基本不会有太大的错）
再进一步对缺失的细节进行测序，填补缺失后得到的基因组是complete

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2楼2016-06-28 17:17:08

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鲁冰花语

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2016-06-28 17:17:08
测序后是一堆contigs 然后进行组装（碎片-大片段）然后进行scaffolding（大片段-更大的片段+缺失部分可能就是NNNNNNNN填充（表示这块应该有这么些核苷酸但是不知道是什么））
根据测序的质量高低导致最后结果的co ...

谢谢你

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3楼2016-06-29 15:52:26

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