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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【讨论】缺陷晶体结构优化的问题
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58153365

铜虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】缺陷晶体结构优化的问题

使用CASTEP模块，从完整晶体中去掉一个原子，并将整个晶体的价态由0调到-1，然后优化结构（允许晶格常数发生改变），发现优化后的结构与优化之前的结构相差很大，优化后的晶体体积大约是原来的两倍。这样的结果应该是没有什么价值的吧？模拟晶体缺陷时，如果固定晶格常数，只优化原子内坐标，是否合理？
还有希望能和大家讨论下计算缺陷晶体的一些方法及技巧
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1楼 2008-11-07 13:24:39
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jieweiwei

铜虫 (小有名气)
请教你的只优化原子内坐标指的是在constraints里面只固定晶格常数和角度吗？
你是这个意思吗？
你把charge从0改到1指的是你直接把charge改成1了吗？
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2楼2008-11-07 14:27:08
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buble

金虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
单胞取得足够大的时候，单优化内坐标是可以的。
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3楼2008-11-07 21:02:29
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58153365

铜虫 (小有名气)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与！
引用回帖:
Originally posted by jieweiwei at 2008-11-7 14:27:
请教你的只优化原子内坐标指的是在constraints里面只固定晶格常数和角度吗？
你是这个意思吗？
你把charge从0改到1指的是你直接把charge改成1了吗？

只优化原子内坐标指固定晶格常数，优化结构，charge从0改到1是直接把charge改成1
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4楼2008-11-08 21:12:00
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jieweiwei

铜虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
我做过一点缺陷，也发现了这个问题晶格常数发生了较大的变化。因为我主要看表面的缺陷，所以没有深究。但在表面缺陷中对体系进行优化的时候没有发现这个问题，也就是说体系的晶格常数是不变的。
既然你也做缺陷再讨论一个问题：就是在缺陷体系和完好体系比较时比如比较体系的总能量。完好体系的总能量你是直接计算的呢？还是也要进行一下优化呢？在取体系的总能量时输出文件中有三个你取的是那一个啊？
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5楼2008-11-10 15:39:56
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58153365

铜虫 (小有名气)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与！
引用回帖:
Originally posted by jieweiwei at 2008-11-10 15:39:
我做过一点缺陷，也发现了这个问题晶格常数发生了较大的变化。因为我主要看表面的缺陷，所以没有深究。但在表面缺陷中对体系进行优化的时候没有发现这个问题，也就是说体系的晶格常数是不变的。
既然你也做缺陷再 ...

完好晶体的能量应该是优化后的结构的能量，必须保持前后计算参数的一致性。能量哪个应该都差别不大，关键是取发前后要一致
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6楼2008-11-10 19:19:27
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quantum999

金虫 (著名写手)
charge从0到1，对周期体系，物理意义该如何理解呢？
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7楼2008-11-10 19:46:44
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健康2008

新虫 (初入文坛)
★
灯塔守望者(金币+1,VIP+0):谢谢您的解答
charge从0到1，我认为指的是晶体原胞内多了或少了一个电子，总价态就相应增或减1。
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8楼2008-11-11 11:07:44
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jieweiwei

铜虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
完好晶体的能量应该是优化后的结构的能量，必须保持前后计算参数的一致性。能量哪个应该都差别不大，关键是取发前后要一致

请教：那么我如果要比较带有缺陷的体系跟没带有缺陷的体系的键长、键角的变化感觉完好晶体不应该进行优化了，因为在建立超包之前我已将优化了单胞了。包括表面完整的表面结构我都是直接进行的能量计算没有再进行几何优化。
这样有什么不妥吗？
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9楼2008-11-11 11:33:29
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与讨论！
先根据我的经验回答一楼的问题：你的体积变化很多的原因很多，但是我认为你构造缺陷的时候选择的超原胞不够大，这样大浓度的缺陷体积变化不大就不对了，也就是说你构造缺陷的时候设定的缺陷浓度太大了，一般的缺陷浓度是非常小的，所以你必须构建比较大的超原胞。其次，如果你构建比刚才超原胞还大的原胞，然后构造缺陷，肯定可以固定晶格参数，只优化内坐标了，但是如果你的恰好构造的时同样浓度的缺陷，那样还是要优化晶格参数的，不过我相信这样构造的超胞无论体积还是晶格参数不会变化太大的，只是缺陷周围的原子会有显著变化而已
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10楼2008-11-12 19:29:08
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