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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】vasp运行过程中如何查看计算是否停止
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channe

[交流] 【求助】vasp运行过程中如何查看计算是否停止

如题，在vasp运行过程中，比如正在做优化，用bjobs显示任务正在running,可是有时会因为某些原因实际已经停止计算了，比如优化时如果已经跑过NSW步还没没有收敛的话就会停止计算，可是bjobs还是会显示running,请问在哪个文件中可以看出实际还在不在计算

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-21 at 21:07 ]
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1楼 2008-11-07 12:50:54
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
隔断时间看看OSZICAR，看看不是在继续优化。这是一个笨办法。
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2楼2008-11-07 13:02:05
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hakuna

木虫 (知名作家)
★
灯塔守望者(金币+1,VIP+0):谢谢
top看时间是否还在继续
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3楼2008-11-08 11:33:45
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channe

多谢指教，top查看这后发现我的用户名对应的time显示的是0：00，是不是意味着我的计算就停止了，可为什么上面的cpu显示为%0.3，这是什么意思，如果还占用cpu的话，那不是还在计算吗，不懂耶
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4楼2008-11-08 12:11:31
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dead_soul

铜虫 (初入文坛)
★
灯塔守望者(金币+1,VIP+0):谢谢支持小木虫
引用回帖:
Originally posted by channe at 2008-11-8 12:11:
多谢指教，top查看这后发现我的用户名对应的time显示的是0：00，是不是意味着我的计算就停止了，可为什么上面的cpu显示为%0.3，这是什么意思，如果还占用cpu的话，那不是还在计算吗，不懂耶

一般是直接等到运行计算的节点上，使用Top命令，若cpu有使用，并且显示项为VASP，则说明计算仍在进行。。。


即使计算停止，cpu可能还不会显示为0（由于其他一些系统文件运行，不过占用量十分小），主要就看后面的运行项是不是vasp。。。
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5楼2008-11-08 18:46:06
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★
jghe(金币+2,VIP+0):谢谢你参与讨论！
引用回帖:
Originally posted by channe at 2008-11-8 12:11:
多谢指教，top查看这后发现我的用户名对应的time显示的是0：00，是不是意味着我的计算就停止了，可为什么上面的cpu显示为%0.3，这是什么意思，如果还占用cpu的话，那不是还在计算吗，不懂耶

你看VASP进程的时间，如果不变，那就僵尸了......
你再VI一下输出文件，看有没有变化...
如果没变化就kill掉，重新提交作业，如果仍是这样，考虑如下两个问题。
系统进程也要占用CPU
---------------
1.如果系统不稳定，可能硬件有问题，多处在内存上，尤其多根内存时
2.如硬件没问题，查是否VASP编译优化过度了
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6楼2008-11-09 13:16:16
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channe

我不知道你说的“直接等到运行计算的节点上，使用Top命令”是怎么用的，我是在任一路径下直接使用top命令，得到的结果我拷了部分放在下面，可否就这个例子说明下，给我科普下吧，呵呵


  PID USER     PRI  NI  SIZE  RSS SHARE STAT %CPU %MEM   TIME CPU COMMAND
   13 root      15   0     0    0     0 SW    0.7  0.0 240:22   1 kscand/Normal
18635 root      15   0     0    0     0 SW    0.3  0.0  28:55   2 nfsd
18636 root      15   0     0    0     0 SW    0.3  0.0  27:45   0 nfsd
23022 root       0 -20   784  572   440 S <   0.1  0.0  30:47   2 lim
7446 gaoqiang  15   0  1944 1884  1560 S     0.1  0.0   0:00   0 sshd
7626 gaoqiang  15   0  1076 1076   792 R     0.1  0.0   0:00   3 top
    1 root      15   0   104   80    56 S     0.0  0.0   1:40   1 init
    2 root      RT   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:00   0 migration/0
    3 root      RT   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:00   1 migration/1
    4 root      RT   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:00   2 migration/2
    5 root      RT   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:00   3 migration/3
    6 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:22   0 keventd
    7 root      34  19     0    0     0 SWN   0.0  0.0   0:27   0 ksoftirqd_CPU0
    8 root      34  19     0    0     0 SWN   0.0  0.0   0:02   1 ksoftirqd_CPU1
    9 root      34  19     0    0     0 SWN   0.0  0.0   0:01   2 ksoftirqd_CPU2
   10 root      34  19     0    0     0 SWN   0.0  0.0   0:02   3 ksoftirqd_CPU3
   15 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:04   1 bdflush
   11 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0 103:53   2 kswapd
   12 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:34   3 kscand/DMA
   14 root      16   0     0    0     0 SW    0.0  0.0 340:19   0 kscand/HighMem
   16 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   1:34   2 kupdated
   17 root      24   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:00   0 mdrecoveryd
   26 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   3:46   2 kjournald
   84 root      25   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:00   1 khubd
  701 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   4:33   1 kjournald
  704 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0  16:07   3 kjournald
1585 root      15   0   308  304   232 S     0.0  0.0   0:20   0 syslogd
1589 root      15   0    52    4     0 S     0.0  0.0   0:00   2 klogd
1626 rpcuser   15   0    80    0     0 SW    0.0  0.0   0:00   3 rpc.statd
1687 root      15   0     0    0     0 SW    0.0  0.0  14:15   1 rpciod
1688 root      24   0     0    0     0 SW    0.0  0.0   0:00   2 lockd
1730 root      25   0
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7楼2008-11-09 13:18:50
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channe

多谢hakuna的指导，说的很清楚了，我现在想问的是你说的优化过度指的是什么，如果出现这种情况我要怎么改呢，这个是INCAR的设置问题吗
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8楼2008-11-09 13:27:28
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hakuna

木虫 (知名作家)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢你参与讨论！
引用回帖:
Originally posted by channe at 2008-11-9 13:27:
多谢hakuna的指导，说的很清楚了，我现在想问的是你说的优化过度指的是什么，如果出现这种情况我要怎么改呢，这个是INCAR的设置问题吗

编译时优化级别选项
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9楼2008-11-16 20:08:27
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