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Kid125

铁虫 (初入文坛)

[求助] ZDOCK代码求助

使用ZDCOK进行蛋白质之间的刚性对接,因为是在Linux系统下,其代码如下:
./mark_sur 1II5_M0_P0_site.pdb new_m.pdb

./mark_sur 2AHE_site.pdb new_h.pdb

./zdock -R new_m.pdb -L new_h.pdb -o dock.out -N 2000

./create.pl dock.out

但是第三步的时候运行的特别慢,既是生产1个对接产物也很慢,所以我到现在还没有得到 dock.out 文件,请问这是本来就慢呢,还是因为对处理的PDB文件有要求,或者是我代码有问题呢?


请各位大神指教呀~~~~~~~
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Kid125

铁虫 (初入文坛)

结果出来了,代码没有问题,确实需要这么久的时间,不过zdock里打 uniCHARMM 力场是不是要配合RDock使用,如果后期用Amber来进行评分,是不是也可以呢?
2楼2016-06-24 14:50:39
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enjoy大志

铜虫 (小有名气)

朋友,请问你时候会分析zdock蛋白与蛋白的对接结果啊?我得出了out一组数据就是不会分析,第一次搞这个,不会啊,求指导
付出定有回报
3楼2017-08-05 17:33:00
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百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Kid125 at 2016-06-24 14:50:39
结果出来了,代码没有问题,确实需要这么久的时间,不过zdock里打 uniCHARMM 力场是不是要配合RDock使用,如果后期用Amber来进行评分,是不是也可以呢?

楼主,请问你的zdock版本能发我一份吗,企鹅邮箱 1970028089 官网申请了但是还没有回复我
你的夕阳,我的容颜,谁的三分之一年
4楼2018-09-29 22:54:03
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