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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » LiFePO4磷酸铁锂的分子动力学MS建模
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尘扬时代

金虫 (初入文坛)

[求助] LiFePO4磷酸铁锂的分子动力学MS建模 已有1人参与

磷酸铁锂是橄榄石结构，空间群是Pnm，科研遇到瓶颈，很着急，真心求教，如何建模？@月只蓝
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1楼 2016-06-22 17:06:15
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
FindIt 软件 或者 ISCD数据库，查找LiFePO4 晶体，根据空间群，导出合适的晶体结构，一般是 cif格式的。
将此cif文件导入MS，即可构建LiFePO4晶胞。
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尘扬时代
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2016-06-23 15:41:29
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尘扬时代

金虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-06-23 15:41:29
FindIt 软件 或者 ISCD数据库，查找LiFePO4 晶体，根据空间群，导出合适的晶体结构，一般是 cif格式的。
将此cif文件导入MS，即可构建LiFePO4晶胞。

谢谢您的回答，另外请教一下 这个软件或者这个数据库怎么可以搞到呢

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-06-24 08:24:54
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 尘扬时代 at 2016-06-24 08:24:54
谢谢您的回答，另外请教一下 这个软件或者这个数据库怎么可以搞到呢
...

软件小木虫中有的，可自行搜索。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2016-06-24 09:07:04
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尘扬时代

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-06-23 15:41:29
FindIt 软件 或者 ISCD数据库，查找LiFePO4 晶体，根据空间群，导出合适的晶体结构，一般是 cif格式的。
将此cif文件导入MS，即可构建LiFePO4晶胞。

感谢您，可是软件我装了一天了，还是不能使用，因为我急需这个模型，所以可否麻烦您帮我导出一份cif文件发给我
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5楼2016-06-24 15:09:26
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 尘扬时代 at 2016-06-24 15:09:26
感谢您，可是软件我装了一天了，还是不能使用，因为我急需这个模型，所以可否麻烦您帮我导出一份cif文件发给我...

该晶体3空间群的结构信息如下：

*data for   ICSD #161479
Coll Code   161479
Rec  Date   2009/02/01
Chem Name   Lithium Iron Phosphate(V) - C-coated
Structured  Li Fe (P O4)
Sum         Fe1 Li1 O4 P1
ANX         ABCX4
D(calc)     3.6
Title       Electrochemical properties of carbon-coated Li Fe P O4 synthesized by
            a modified mechanical activation process
Author(s)   Kim Jae-Kwang;Cheruvally, G.;Ahn Jou-Hyeon;Hwang Gil-Chan;Choi Jin-
            Beom
Reference   Journal of Physics and Chemistry of Solids
            (2008), 69, 2371-2377
Unit Cell   10.3229(3) 6.0052(2) 4.6939(1) 90. 90. 90.
Vol         290.98
Z           4
Space Group P n m a
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Pearson     oP28
Wyckoff     d c4 a
R Value     .0388
Red Cell    P  4.693 6.005 10.322 90 89.999 89.999 290.98
Trans Red   0.000 0.000 -1.000 / 0.000 1.000 0.000 / 1.000 0.000 0.000
Comments    Rietveld profile refinement applied
            Structure type : Mg2SiO4
            X-ray diffraction (powder)
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Li   1  +1    4 a   0.          0.          0.             1.         0   
Fe   1  +2    4 c   0.2820(1)   0.250       0.9734(4)      1.         0   
P    1  +5    4 c   0.0951(2)   0.250       0.4187(4)      1.         0   
O    1  -2    4 c   0.0922(6)   0.250       0.744(1)       1.         0   
O    2  -2    4 c   0.4547(6)   0.250       0.211(1)       1.         0   
O    3  -2    8 d   0.1626(5)   0.0477(7)   0.2844(7)      1.         0   
*end for    ICSD #161479




*data for   ICSD #154117
Coll Code   154117
Rec  Date   2007/04/01
Chem Name   Lithium Iron Phosphate(V)
Structured  Li Fe (P O4)
Sum         Fe1 Li1 O4 P1
ANX         ABCX4
D(calc)     3.6
Title       Crystal chemistry of the olivine-type Lix Fe P O4 system (0 <= x <=
            1) between 5 and 370 C
Author(s)   Delacourt, C.;Rodriguez-Carvajal, J.;Schmitt, B.;Tarascon, J.-
            M.;Masquelier, C.
Reference   Solid State Sciences
            (2005), 7, 1506-1516
Unit Cell   6.004(5) 10.324(1) 4.6953(4) 90. 90. 90.
Vol         291.04
Z           4
Space Group P m n b
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Pearson     oP28
Wyckoff     d c4 a
R Value     .0199
Red Cell    P  4.695 6.004 10.324 90 90 90 291.04
Trans Red   0.000 0.000 1.000 / 1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000
Comments    The sample with composition Li0.75FePO4 splits at low T
            into two phases: LiFePO4 and Li0.63FePO4 (coll.no.154118)
            Neutron diffraction (powder)
            Rietveld profile refinement applied
            Temperature in Kelvin: 298
            Structure type : Mg2SiO4
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Li   1  +1    4 a   0.          0.          0.             1.         0   
Fe   1  +2    4 c   0.250       0.2817(3)   0.9734(7)      1.         0   
P    1  +5    4 c   0.250       0.0946(5)   0.416(1)       1.         0   
O    1  -2    4 c   0.250       0.0962(6)   0.742(1)       1.         0   
O    2  -2    4 c   0.250       0.4584(5)   0.202(1)       1.         0   
O    3  -2    8 d   0.0492(6)   0.1666(4)   0.2833(7)      1.         0   
*end for    ICSD #154117





*data for   ICSD #97766
Coll Code   97766
Rec  Date   2004/10/01
Chem Name   Lithium Iron Phosphate(V) - Beta'
Structured  Li Fe (P O4)
Sum         Fe1 Li1 O4 P1
ANX         ABCX4
D(calc)     3.73
Title       Influence of the structure on the electrochemical performance of
            lithium transition metal phosphates as cathodic materials in
            rechargeable lithium batteries: a new high-pressure form of Li M P O4
            (M = Fe and Ni)
Author(s)   Garcia-Moreno, O.;Alvarez-Vega, M.;Garcia-Alvarado, F.;Garcia-Jaca,
            J.;Gallardo Amores, J.M.;Sanjuan, M.L.;Amador, U.
Reference   Journal of Materials Chemistry
            (2001), 13, 1570-1576
Unit Cell   5.5230(3) 8.2565(5) 6.1583(3) 90 90 90
Vol         280.82
Z           4
Space Group C m c m
SG Number   63
Cryst Sys   orthorhombic
Pearson     oS28
Wyckoff     g f c2 a
R Value     .055
Red Cell    C  4.966 4.966 6.158 90 89.999 112.440 140.411
Trans Red   0.500 -0.500 0.000 / 0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.000 1.000
Comments    The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-072-7847
            Rietveld profile refinement applied
            Structure type : Na2CrO4
            X-ray diffraction (powder)
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
Li   1  +1    4 c   0.          0.676(2)    0.250          1.         0          1.8(6)
Fe   1  +2    4 a   0.          0.          0.             1.         0          1.0(3)
P    1  +5    4 c   0.          0.3504(6)   0.250          1.         0          1.2(4)
O    1  -2    8 f   0.          0.247(1)    0.043(1)       1.         0          1.5(5)
O    2  -2    8 g   0.228(1)    0.467(1)    0.250          1.         0          1.5(5)
*end for    ICSD #97766
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6楼2016-06-24 15:14:37
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尘扬时代

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-06-24 15:14:37
该晶体3空间群的结构信息如下：

*data for   ICSD #161479
Coll Code   161479
Rec  Date   2009/02/01
Chem Name   Lithium Iron Phosphate(V) - C-coated
Structured  Li Fe (P O4)
Sum         Fe1 Li1 ...

万分感激，但是这个我怎么导进MS呢
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7楼2016-06-24 16:49:49
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 尘扬时代 at 2016-06-24 16:49:49
万分感激，但是这个我怎么导进MS呢...

空间群、晶格常数已知，需要输入的原子坐标个数也很少，MS中手动建模即可。
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8楼2016-06-24 16:53:38
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