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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟水在碳纳米管扩散的过程中，怎么计算水分子之间氢键的个数和扩散系数
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我是一页飘风

新虫 (初入文坛)

[求助] MS模拟水在碳纳米管扩散的过程中，怎么计算水分子之间氢键的个数和扩散系数 已有2人参与

最近在使用MS计算水分子在碳纳米管内的扩散性质，请问该怎样计算水分子之间的氢键以及扩散性质，我选用的是周期性边界条件，使用的是Forcite模块
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1楼 2016-06-16 11:51:22
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议看一看一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》第八章第三节
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2楼2016-06-16 13:20:59
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我是一页飘风

新虫 (初入文坛)
谢谢了 ，不过我还有点疑问，上边的编程是不是需要修改吗。
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3楼2016-06-19 16:27:24
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
请问楼主现在会分析氢键了吗？赐教呀
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4楼2016-07-29 15:58:58
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leebrave

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 赵红霞 at 2016-07-29 15:58:58
请问楼主现在会分析氢键了吗？赐教呀

氢键ms可以自助分析，个数及能量用脚本输出。
扩散系数可以利用MSD曲线得到。
赞一下 回复此楼
不慌，平常心，一步一步走过来。
5楼2016-08-18 22:13:02
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