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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 石墨烯上的水滴的模拟
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jmforever123

新虫 (初入文坛)

[求助] 石墨烯上的水滴的模拟 已有1人参与

本人模拟的是石墨烯表面的水分子的运动情况，但用vmd显示后，石墨烯片总是破坏掉了，感觉z方向要使用非周期性边界条件，但是水分子有长程力作业，pppm又必须使用周期性边界条件，本人菜鸟，求大神指教。谢谢。
dimension      3
boundary       p p p
atom_style     full
read_data      h2o.data
pair_style     hybrid lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 10.0 12.0 lj/cut 10.0  tersoff
pair_coeff     1 1 lj/cut/tip4p/long 0.0000 0.0000
pair_coeff     1 2 lj/cut/tip4p/long 0.0000 0.0000
pair_coeff     2 2 lj/cut/tip4p/long 0.16275 3.16435
pair_coeff     1 3 lj/cut 0.0000 0.0000
pair_coeff     2 3 lj/cut 0.3876 3.262
pair_coeff     * * tersoff SiC.tersoff NULL NULL C
kspace_style   pppm/tip4p 1.0e-4

bond_style     harmonic
bond_coeff     1 450 0.9572

angle_style    harmonic
angle_coeff    1 55 104.52

timestep       ${dt}
thermo         $d

石墨烯上的水滴的模拟
graphene.png
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材料 分子动力学模拟

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1楼 2016-06-13 16:46:31
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

完全是火

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jmforever123: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-06-14 15:19:55
这里有个例子，你参考一下能用不

units      metal
dimension  3
boundary   p p f
atom_style full

read_data     mixed-graph-water.dat
neighbor      3.0 bin
neigh_modify  delay 0 every 1 check yes

# set potential function and parameters

### Create Groups ###
group hy type 2      # H_water
group ox type 3      # O_water
set group ox charge -0.8476 #给氢 氧原子带电
set group hy charge 0.4238
region box block INF INF INF INF INF INF units box               
group graphite type 1
group boxes region box

### Flexible SPC/E Potential Parameters ###
### Zhang et al., Fluid Phase Equilibria, 262 (2007) 210-216 ###
### 设置氢氧原子间的作用
pair_style hybrid/overlay rebo lj/cut/coul/long 10.0
pair_coeff * * rebo ./potential/CH.airebo C NULL NULL
pair_coeff 1 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0          # C-H
pair_coeff 1 3 lj/cut/coul/long 0.013 2.71          # C-O
pair_coeff 2 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0          # H-H
pair_coeff 2 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0          # H-O
pair_coeff 3 3 lj/cut/coul/long 0.0067 3.166     # O-O

bond_style  harmonic
bond_coeff  1 7.669 1.0
angle_style harmonic
angle_coeff 1 1.829 109.47
kspace_style  pppm 1.0e-5 #final npt relaxation
kspace_modify slab 3.0

thermo          1
thermo_style    custom step pe etotal press temp
thermo_modify   norm no
dump            myatom all custom 500 atom.dat id

group slab      type 1       # graphite_slab
group water     type 2 3

timestep 0.0001

velocity     all create 10.0 482748 dist gaussian
fix          freaze_slab slab move linear 0.0 0.0 0.0   #This can be useful for boundary or other atoms, whose movement can influence nearby atoms.
#                             move style  args  
fix          zwall water wall/reflect  zhi EDGE
#                        wall/reflect face arg ... keyword value ...
fix          1 all nve
fix          2 all temp/rescale 10 10.0    10.0   0.02   1.0           ##温度设置为10度
#                                    temp/rescale N  Tstart Tstop  window fraction
fix          shake_1 water shake 1e-5 500 0      b        1          a      1 # 算法固定键长键角 化学键的断裂、生成
dump 1 graphite custom  1  graphite.lammpstrj id type xs ys zs
#                          style tol iter N constraint values  constraint values
dump         dcd_1 all dcd 100 nve_10.dcd
run 10000
write_restart restart.10.*
unfix        2
unfix        shake_1
undump       dcd_1
fix          3 all temp/rescale 10 10.0 100.0 0.02 1.0
fix          shake_2 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
dump         dcd_2 all dcd 100 nve_10_100.dcd
run 10000
write_restart restart.10_100.*
unfix        3
unfix        shake_2
undump       dcd_2
fix          4 all temp/rescale 10 100.0 200.0 0.02 1.0
fix          shake_3 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
fix          shake_3 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
dump         dcd_3 all dcd 100  nve_100_200.dcd
run 10000
write_restart  restart.100_200.*
unfix        4
unfix        shake_3
undump       dcd_3
fix          5 all temp/rescale 10 200.0 298.0 0.02 1.0
fix          shake_4 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
dump         dcd_4 all dcd 100  nve_200_298.dcd
run 10000
write_restart  restart.200_298.*
unfix        5
unfix        shake_4
undump       dcd_4
fix          6 all temp/rescale 10 298.0 298.0 0.02 1.0
fix          shake_5 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
dump         dcd_5 all dcd 100  nve_298_298.dcd
run 10000
write_restart restart.298.*
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2楼2016-06-13 19:54:50
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568286346

木虫 (小有名气)
我觉得你可以把z方向的盒子边长扩大，相当于在z方向构建一个汽液界面。这样就相当于在三个方向都使用了周期性边界条件。

发自小木虫IOS客户端
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坚持才能实现自己的理想！
5楼2016-06-14 19:15:13
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普通回帖

jmforever123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 完全是火 at 2016-06-13 19:54:50
这里有个例子，你参考一下能用不

units      metal
dimension  3
boundary   p p f
atom_style full

read_data     mixed-graph-water.dat
neighbor      3.0 bin
neigh_modify  delay 0 every 1 check  ...

我试一下，非常感谢
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3楼2016-06-13 20:06:07
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jmforever123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 完全是火 at 2016-06-13 19:54:50
这里有个例子，你参考一下能用不

units      metal
dimension  3
boundary   p p f
atom_style full

read_data     mixed-graph-water.dat
neighbor      3.0 bin
neigh_modify  delay 0 every 1 check  ...

还是不行，老是出现ERROR：Lost atoms: original 1520 current 1073
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4楼2016-06-14 15:17:10
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jmforever123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 568286346 at 2016-06-14 19:15:13
我觉得你可以把z方向的盒子边长扩大，相当于在z方向构建一个汽液界面。这样就相当于在三个方向都使用了周期性边界条件。

非常感谢，我这个的主要原因就是z方向是不对称的对吧，然后就需要把z方向扩大。可是扩大之后，下边界是C原子，上边界没有原子，是不是也需要把下边界往下扩展，不知道可以吗
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6楼2016-06-14 22:25:30
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568286346

木虫 (小有名气)
可以的，因为根据周期性边界条件，上方扩充之后，下方的C其实也是处于汽固界面的。这其实跟你扩充下方是一样的。

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坚持才能实现自己的理想！
7楼2016-06-15 00:08:32
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jmforever123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 568286346 at 2016-06-15 00:08:32
可以的，因为根据周期性边界条件，上方扩充之后，下方的C其实也是处于汽固界面的。这其实跟你扩充下方是一样的。

谢谢
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8楼2016-06-15 11:09:10
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Niklaus

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 完全是火 at 2016-06-13 19:54:50
这里有个例子，你参考一下能用不

units      metal
dimension  3
boundary   p p f
atom_style full

read_data     mixed-graph-water.dat
neighbor      3.0 bin
neigh_modify  delay 0 every 1 check  ...

老板，一般怎么找代码哈？

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高温合金狗一只，求各路大神指点
9楼2016-06-15 15:02:00
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完全是火

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jmforever123 at 2016-06-14 15:17:10
还是不行，老是出现ERROR：Lost atoms: original 1520 current 1073...

不做这方面的帮不了你哈，好好研究吧。
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10楼2016-06-16 14:36:50
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