| 查看: 5462 | 回复: 14 | ||||
jmforever123新虫 (初入文坛)
|
[求助]
石墨烯上的水滴的模拟 已有1人参与
|
|||
|
本人模拟的是石墨烯表面的水分子的运动情况，但用vmd显示后，石墨烯片总是破坏掉了，感觉z方向要使用非周期性边界条件，但是水分子有长程力作业，pppm又必须使用周期性边界条件，本人菜鸟，求大神指教。谢谢。 dimension 3 boundary p p p atom_style full read_data h2o.data pair_style hybrid lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 10.0 12.0 lj/cut 10.0 tersoff pair_coeff 1 1 lj/cut/tip4p/long 0.0000 0.0000 pair_coeff 1 2 lj/cut/tip4p/long 0.0000 0.0000 pair_coeff 2 2 lj/cut/tip4p/long 0.16275 3.16435 pair_coeff 1 3 lj/cut 0.0000 0.0000 pair_coeff 2 3 lj/cut 0.3876 3.262 pair_coeff * * tersoff SiC.tersoff NULL NULL C kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 timestep ${dt} thermo $d  graphene.png |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 材料 | 分子动力学模拟 |
» 猜你喜欢
没有任何消息-是不是就凉了
已经有10人回复
-
人气不行了
已经有11人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有22人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有3人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有7人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有18人回复
-
我面上完蛋了
已经有14人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有27人回复
-
明天应该可查了！？
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jmforever123: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-06-14 15:19:55
感谢参与，应助指数 +1
jmforever123: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-06-14 15:19:55
|
这里有个例子，你参考一下能用不 units metal dimension 3 boundary p p f atom_style full read_data mixed-graph-water.dat neighbor 3.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes # set potential function and parameters ### Create Groups ### group hy type 2 # H_water group ox type 3 # O_water set group ox charge -0.8476 #给氢 氧原子带电 set group hy charge 0.4238 region box block INF INF INF INF INF INF units box group graphite type 1 group boxes region box ### Flexible SPC/E Potential Parameters ### ### Zhang et al., Fluid Phase Equilibria, 262 (2007) 210-216 ### ### 设置氢氧原子间的作用 pair_style hybrid/overlay rebo lj/cut/coul/long 10.0 pair_coeff * * rebo ./potential/CH.airebo C NULL NULL pair_coeff 1 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 # C-H pair_coeff 1 3 lj/cut/coul/long 0.013 2.71 # C-O pair_coeff 2 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 # H-H pair_coeff 2 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 # H-O pair_coeff 3 3 lj/cut/coul/long 0.0067 3.166 # O-O bond_style harmonic bond_coeff 1 7.669 1.0 angle_style harmonic angle_coeff 1 1.829 109.47 kspace_style pppm 1.0e-5 #final npt relaxation kspace_modify slab 3.0 thermo 1 thermo_style custom step pe etotal press temp thermo_modify norm no dump myatom all custom 500 atom.dat id group slab type 1 # graphite_slab group water type 2 3 timestep 0.0001 velocity all create 10.0 482748 dist gaussian fix freaze_slab slab move linear 0.0 0.0 0.0 #This can be useful for boundary or other atoms, whose movement can influence nearby atoms. # move style args fix zwall water wall/reflect zhi EDGE # wall/reflect face arg ... keyword value ... fix 1 all nve fix 2 all temp/rescale 10 10.0 10.0 0.02 1.0 ##温度设置为10度 # temp/rescale N Tstart Tstop window fraction fix shake_1 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 # 算法固定键长键角 化学键的断裂、生成 dump 1 graphite custom 1 graphite.lammpstrj id type xs ys zs # style tol iter N constraint values constraint values dump dcd_1 all dcd 100 nve_10.dcd run 10000 write_restart restart.10.* unfix 2 unfix shake_1 undump dcd_1 fix 3 all temp/rescale 10 10.0 100.0 0.02 1.0 fix shake_2 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 dump dcd_2 all dcd 100 nve_10_100.dcd run 10000 write_restart restart.10_100.* unfix 3 unfix shake_2 undump dcd_2 fix 4 all temp/rescale 10 100.0 200.0 0.02 1.0 fix shake_3 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 fix shake_3 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 dump dcd_3 all dcd 100 nve_100_200.dcd run 10000 write_restart restart.100_200.* unfix 4 unfix shake_3 undump dcd_3 fix 5 all temp/rescale 10 200.0 298.0 0.02 1.0 fix shake_4 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 dump dcd_4 all dcd 100 nve_200_298.dcd run 10000 write_restart restart.200_298.* unfix 5 unfix shake_4 undump dcd_4 fix 6 all temp/rescale 10 298.0 298.0 0.02 1.0 fix shake_5 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 dump dcd_5 all dcd 100 nve_298_298.dcd run 10000 write_restart restart.298.* |
2楼2016-06-13 19:54:50
5楼2016-06-14 19:15:13
jmforever123
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 198.5
- 散金: 10
- 帖子: 44
- 在线: 16.2小时
- 虫号: 3121805
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
3楼2016-06-13 20:06:07
jmforever123
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 198.5
- 散金: 10
- 帖子: 44
- 在线: 16.2小时
- 虫号: 3121805
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
4楼2016-06-14 15:17:10
jmforever123
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 198.5
- 散金: 10
- 帖子: 44
- 在线: 16.2小时
- 虫号: 3121805
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
6楼2016-06-14 22:25:30
7楼2016-06-15 00:08:32
jmforever123
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 198.5
- 散金: 10
- 帖子: 44
- 在线: 16.2小时
- 虫号: 3121805
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
8楼2016-06-15 11:09:10
Niklaus
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1339.5
- 帖子: 155
- 在线: 87小时
- 虫号: 2795553
- 注册: 2013-11-12
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
9楼2016-06-15 15:02:00
10楼2016-06-16 14:36:50
20