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已经有的分子模拟数据求助分析思路 已有3人参与
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各位好，初学计算材料的小白一个求指教 现在有一个元胞内256个铝原子的位置及速度数据（2000步，模拟步长1fs，只有数据dat文件）， 请问分析其平衡状态或者结构的话应该从何入手。 初学Material studio不知该怎么利用数据文件建模。。。。 求助指教 在该模拟条件下得到的数据： 1. 元胞尺度L=16.898Å 2. Al原子初始位置FCC 3. 初始温度1777K 4. 时间步长1fs 5. 弛豫500步后输出结果 |
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2016-06-12 20:11:29, 21.43 M
2016-06-12 20:12:01, 21.53 M
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My favorite is: J. M. Haile, “Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods”, John Wiley & Sons, Inc., New York, 1992. But the following one is more popular: D. Frenkel and B. Smit, Understand Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (2nd edition). Elsevier Inc, (2002). There are also many other good books. It does not matter much which one you choose to read. What matters is whether you can read through one. For data analysis, I suggest learn how to use matlab or python. The former is not free but more powerful. The latter is also good and is free. |
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