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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 已经有的分子模拟数据求助分析思路
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a835558137

新虫 (初入文坛)

[求助] 已经有的分子模拟数据求助分析思路 已有3人参与

各位好，初学计算材料的小白一个求指教
现在有一个元胞内256个铝原子的位置及速度数据（2000步，模拟步长1fs，只有数据dat文件），
请问分析其平衡状态或者结构的话应该从何入手。
初学Material studio不知该怎么利用数据文件建模。。。。
求助指教
在该模拟条件下得到的数据：
1. 元胞尺度L=16.898Å
2. Al原子初始位置FCC
3. 初始温度1777K
4. 时间步长1fs
5. 弛豫500步后输出结果
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  • 附件 1 : cocordinate.dat
    • 2016-06-12 20:11:29, 21.43 M
  • 附件 2 : velocity.dat
    • 2016-06-12 20:12:01, 21.53 M

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1楼 2016-06-12 20:12:34
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
a835558137: 金币+3, ★有帮助 2016-06-15 17:45:09
恐怕你需要的是建议是阅读一本分子动力学模拟教科书。常见的书在本版都可以下载。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2016-06-12 21:58:45
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a835558137

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-06-12 21:58:45
恐怕你需要的是建议是阅读一本分子动力学模拟教科书。常见的书在本版都可以下载。

的确应该是这样，不知能否推荐一下教材呢？
另外我想知道Material studio能不能直接读取此类dat数据文件做分析……
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3楼2016-06-13 09:29:15
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
a835558137: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-06-15 17:44:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by a835558137 at 2016-06-13 09:29:15
的确应该是这样，不知能否推荐一下教材呢？
另外我想知道Material studio能不能直接读取此类dat数据文件做分析……...

My favorite is:
J. M. Haile, “Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods”, John  Wiley  &  Sons,  Inc.,  New  York, 1992.
But the following one is more popular:
D. Frenkel and B. Smit, Understand Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (2nd edition). Elsevier Inc, (2002).
There are also many other good books. It does not matter much which one you choose to read.
What matters is whether you can read through one.

For data analysis, I suggest learn how to use matlab or python.
The former is not free but more powerful. The latter is also good and is free.
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4楼2016-06-13 19:05:59
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
a835558137: 金币+2, ★有帮助 2016-06-15 17:45:22
陈正隆《分子模拟的理论与实践》和《The Art of Molecular Dynamics Simulation》，站内有这两本书的资源。自己下载即可。
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5楼2016-06-13 19:55:16
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议先简单的看看统计热力学的相关知识
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6楼2016-06-14 09:32:44
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