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BBQY

铁虫 (小有名气)

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[求助] shell脚本编程已有1人参与

我有个QB.out文件，文件中有
CARTESIAN COORDINATES

1 H    16.074719860    8.229529334 25.103862190
2 C    16.465993520    9.232996370 25.301990040
3 C    17.415993140    9.685996190 24.205990470
4 N    16.735993410    9.949996080 22.943990970
5 C    17.340993170 10.058996040 21.764991430
6 N    16.616993460 10.307995940 20.682991860
7 N    18.659992650    9.916996100 21.652991480
8 H    15.602017307    9.906518523 25.370615233
9 H    16.966838633    9.240617684 26.275695958
  10 H    17.924047738 10.622953044 24.553804455
，其中文件中有2个CARTESIAN COORDINATES，如果我想提取第二个CARTESIAN COORDINATES这个关键词下面的第3-9行坐标，并保留小数点后4位有效数字到QB.coods文件用shell怎样写脚本呀，shell新手，还望大家多多帮忙呀，不胜感激~

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1楼 2016-06-07 22:20:37

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czyzsu

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【答案】应助回帖

#!/bin/bash
for i in *.out
do
NAME=${i%.out}
NATOM=` grep "NAtoms=" $i | tail -1 | awk ' {print $2} ' `
sed ' /Standard orientation: /, /Rotational constants/! d' ${i} | grep -v -E ' I| C| N| D| R| \-\-\-' | tail -$NATOM | awk ' {gsub(17, "Cl", $2) ;
gsub(16,"S",$2); gsub("1", "H", $2); gsub(6, "C", $2); gsub(7, "N", $2); gsub(8, "O", $2); printf "%5s %10.6f %10.6f %10.6f\n",$2,$4,$5,$6}' > ${NAME}.xyz
done
——————————————————————
楼主，将以上保存为out2xyz.sh,chmod +x out2xyz.sh 在当前目录下执行./out2xyz.sh,就可以批处理提取你要的数据。数据有效数字可以通过调整%10.6f这个格式来得到你要的有效数字。
如果没有得到你要的数据，适当调整该语句（NATOM=` grep "NAtoms=" $i | tail -1 | awk ' {print $2} ' `）就好了。

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