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burubenpao

木虫 (著名写手)

[求助] Mothur和qiime平台计算的Alpha多样性指数不一样

如题。 经比较分析后发现Mothur和qiime里平台simpson指数的计算公式不一样。同一组数据用qiime(alpha_diversity.py)处理后shannon和simpson指数成正相关,而mothur的处理结果成负相关。有没有童鞋遇到过同样的问题?


目前有点儿困惑

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ChengZQ

新虫 (职业作家)

能不能告诉我qiime是怎么装的,,我最近一直装不上,,谢谢
2楼2016-07-11 14:19:41
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

Simpson指数有三种形式:D, 1-D, 1/D, 第一种和香农指数成正相关。qiime三种都可以算

发自小木虫Android客户端
3楼2016-09-03 05:51:02
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burubenpao

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ChengZQ at 2016-07-11 14:19:41
能不能告诉我qiime是怎么装的,,我最近一直装不上,,谢谢

官网上有详细的安装教程。windows系统建议用虚拟机安装,我后来用了Mac系统,可以直接安装。安装前最好先了解一点perl或python命令操作
4楼2016-10-29 00:34:20
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burubenpao

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2016-09-03 05:51:02
Simpson指数有三种形式:D, 1-D, 1/D, 第一种和香农指数成正相关。qiime三种都可以算

后来查了公式,发现两个软件使用的公式不完全一样,才造成的结果差异
5楼2016-10-29 00:35:01
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