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lanwang

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR一直跑不出来,排除了该排除的原因了还是跑不出来已有7人参与

我最近在提取黑曲霉基因组DNA,克隆特定的葡萄糖氧化酶基因,但我的菌株是菌种保藏中心购买的标准菌株,不是克隆我需要的特定基因的特定菌株,我开始提的RNA,再反转录成CDNA跑PCR,退火温度跑的是55-65℃的梯度,用的10微升体系,没跑出来,后来又提的DNA,同样是跑的温度梯度,我需要的目的基因是1818bp,所以用的是高保真酶,引物也设计了好几对了,都是公司帮设计的,应该没问题,CDNA和DNA的浓度以及OD值都正常,但是不管用什么方法都跑不出来,求大神啊,真不知道该怎么办了,试验就卡在第一步了,好焦心呐!!!!!电泳图上除了marker就什么都没有了,有时候有引物二聚体
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰·手有余香,谢谢你的理解与支持。祝您科研顺利,文章多多。 2016-06-01 22:26:54
你特定基因,在你的模板基因组DNA中是否存在?不同菌株可能存在差异,建议设计兼并引物试一下。
2楼2016-06-01 15:34:52
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晞朔

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lanwang at 2016-06-01 15:42:47
我对比了不同菌株葡萄糖氧化酶基因的CDS序列,相似性达到了90%...

一般来说,同源基因的CDS区相对保守,但是UTR区的variable就比较多。建议可以比对,往UTR区再看看。
4楼2016-06-01 15:45:01
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