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请教：如何从系统发育树中分析基因分化的时间先后
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生物信息专业小白，只会用mega来做系统发育树。现在想分析一下一个物种内一个家族的基因的分化时间的先后，想看看哪个是较早分化出来的，哪个是较晚分化出来的。各基因相似度大于90%。现在比较烦的是在同一个分支上的基因到底应该如何判断分化时间的先后呢？附件中图一是方法，图二是显示各分歧点的展开值，图三上面应该显示的是替换率吧。用的氨基酸序列进行分析的。比如图二中的1和4；7和8以及9,20,24三者呢，谁先出现，谁后分化？是否跟上下排列顺序有关？哪种模式下计算出来的进化树可以直接用枝长来判断？另外不知道参数设置的是否合理。请老师们指教 图片1.JPG  图片2.jpg  图片3.jpg |
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