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anita55

银虫 (小有名气)

[求助] 几何结构优化时能量震荡,如何处理? 已有1人参与

现在做的掺杂体系,12.5%,25%,50%,其中12.5%,50%都能收敛,就是25%不能收敛,什么原因呢? 不太可能是结构不合理吧,毕竟两边浓度都成功了。请大家指教。 像这种能量震荡的该如何调试呢?
几何结构优化时能量震荡,如何处理?
几何结构优化时能量震荡,如何处理?-1
castep文件:几何优化只有一个yes,3个no。
+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS
|    Step    |   lambda    |   F.delta   |    enthalpy     | <-- min BFGS
+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS
|  previous  |    0.000000 |    0.002781 |   -29834.670729 | <-- min BFGS
| trial step |    1.000000 |    0.001926 |   -29834.776186 | <-- min BFGS
|  line step |    3.251631 |   -0.003682 |   -29837.973701 | <-- min BFGS
|  quad step |    1.773369 |   -0.002702 |   -29838.006664 | <-- min BFGS
+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS
  
BFGS: finished iteration   100 with enthalpy= -2.98380067E+004 eV
  
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
| Parameter |      value      |    tolerance    |    units   | OK? | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
|  dE/ion   |   8.339837E-002 |   5.000000E-005 |         eV | No  | <-- BFGS
|  |F|max   |   1.288961E-001 |   1.000000E-001 |       eV/A | No  | <-- BFGS
|  |dR|max  |   6.082554E-004 |   5.000000E-003 |          A | Yes | <-- BFGS
|   Smax    |   4.065663E+000 |   2.000000E-001 |        GPa | No  | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
  
BFGS : WARNING - Geometry optimization failed to converge after        100 steps

================================================================================
BFGS : Final Configuration:
================================================================================

                           -------------------------------
                                      Unit Cell
                           -------------------------------
        Real Lattice(A)              Reciprocal Lattice(1/A)
   7.8142248   0.0000000   0.0000000        0.8040702   0.0000000   0.0000000
   0.0000000   7.8142248   0.0000000        0.0000000   0.8040702   0.0000000
   0.0000000   0.0000000   8.1112610        0.0000000   0.0000000   0.7746250

                       Lattice parameters(A)       Cell Angles
                    a =    7.814225          alpha =   90.000000
                    b =    7.814225          beta  =   90.000000
                    c =    8.111261          gamma =   90.000000

                Current cell volume =  495.290711 A**3

                           -------------------------------
                                     Cell Contents
                           -------------------------------

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x
            x            Number           u          v          w      x
            x----------------------------------------------------------x
            x  O            1         0.000000   0.000000   0.043401   x
            x  O            2         0.000000   0.000000   0.516500   x
            x  O            3         0.000000   0.243773   0.271102   x
            x  O            4         0.000000  -0.248546   0.775364   x
            x  O            5         0.000000  -0.243773   0.271102   x
            x  O            6         0.000000   0.248546   0.775364   x
            x  O            7        -0.243773   0.000000   0.271102   x
            x  O            8         0.248546   0.000000   0.775364   x
            x  O            9         0.243773   0.000000   0.271102   x
            x  O           10        -0.248546   0.000000   0.775364   x
            x  O           11         0.500000   0.000000   0.021770   x
            x  O           12         0.500000   0.000000   0.520766   x
            x  O           13         0.000000   0.500000   0.021770   x
            x  O           14         0.000000   0.500000   0.520766   x
            x  O           15         0.500000   0.250430   0.283155   x
            x  O           16         0.500000  -0.257225   0.761425   x
            x  O           17        -0.500000  -0.250430   0.283155   x
            x  O           18        -0.500000   0.257225   0.761425   x
            x  O           19        -0.250430   0.500000   0.283155   x
            x  O           20         0.257225   0.500000   0.761425   x
            x  O           21         0.250430  -0.500000   0.283155   x
            x  O           22        -0.257225  -0.500000   0.761425   x
            x  O           23         0.500000   0.500000   0.024175   x
            x  O           24         0.500000   0.500000   0.533453   x
            x  Na           1        -0.250144   0.250144   0.498527   x
            x  Na           2         0.250144  -0.250144   0.498527   x
            x  Na           3        -0.250144  -0.250144   0.498527   x
            x  Na           4         0.250144   0.250144   0.498527   x
            x  K            1        -0.248651  -0.248651   0.003625   x
            x  K            2         0.248651   0.248651   0.003625   x
            x  K            3         0.248651  -0.248651   0.003625   x
            x  K            4        -0.248651   0.248651   0.003625   x
            x  Fe           1         0.000000   0.000000   0.255229   x
            x  Fe           2         0.500000   0.500000   0.744987   x
            x  Nb           1         0.000000   0.000000   0.741251   x
            x  Nb           2         0.500000   0.000000   0.252241   x
            x  Nb           3         0.500000   0.000000   0.748703   x
            x  Nb           4         0.000000   0.500000   0.252241   x
            x  Nb           5         0.000000   0.500000   0.748703   x
            x  Nb           6         0.500000   0.500000   0.249257   x
            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx


BFGS : Final Enthalpy     = -2.98380067E+004 eV
BFGS : Final <frequency>  =    7075.84270 cm-1
BFGS : Final bulk modulus unchanged from initial value
  
  **********************************************************
  *** There were at least     1 warnings during this run ***
  *** => please check the whole of this file carefully!  ***
  **********************************************************

***************************** Symmetrised Forces *****************************
*                                                                            *
*                        Cartesian components (eV/A)                         *
* -------------------------------------------------------------------------- *
*                   x                    y                    z              *
*                                                                            *
* O         1      0.00000              0.00000             -0.01499         *
* O         2      0.00000              0.00000              0.05276         *
* O         3      0.00000              0.05652             -0.01386         *
* O         4      0.00000             -0.03243             -0.01695         *
* O         5      0.00000             -0.05652             -0.01386         *
* O         6      0.00000              0.03243             -0.01695         *
* O         7     -0.05652              0.00000             -0.01386         *
* O         8      0.03243              0.00000             -0.01695         *
* O         9      0.05652              0.00000             -0.01386         *
* O        10     -0.03243              0.00000             -0.01695         *
* O        11      0.00000              0.00000              0.02100         *
* O        12      0.00000              0.00000             -0.00609         *
* O        13      0.00000              0.00000              0.02100         *
* O        14      0.00000              0.00000             -0.00609         *
* O        15      0.00000             -0.00585             -0.03748         *
* O        16      0.00000              0.08450             -0.01428         *
* O        17      0.00000              0.00585             -0.03748         *
* O        18      0.00000             -0.08450             -0.01428         *
* O        19      0.00585              0.00000             -0.03748         *
* O        20     -0.08450              0.00000             -0.01428         *
* O        21     -0.00585              0.00000             -0.03748         *
* O        22      0.08450              0.00000             -0.01428         *
* O        23      0.00000              0.00000              0.00823         *
* O        24      0.00000              0.00000              0.03740         *
* Na        1      0.06417             -0.06417              0.09154         *
* Na        2     -0.06417              0.06417              0.09154         *
* Na        3      0.06417              0.06417              0.09154         *
* Na        4     -0.06417             -0.06417              0.09154         *
* K         1     -0.02515             -0.02515             -0.01297         *
* K         2      0.02515              0.02515             -0.01297         *
* K         3      0.02515             -0.02515             -0.01297         *
* K         4     -0.02515              0.02515             -0.01297         *
* Fe        1      0.00000              0.00000             -0.08922         *
* Fe        2      0.00000              0.00000             -0.07155         *
* Nb        1      0.00000              0.00000              0.04927         *
* Nb        2      0.00000              0.00000              0.01781         *
* Nb        3      0.00000              0.00000             -0.02764         *
* Nb        4      0.00000              0.00000              0.01781         *
* Nb        5      0.00000              0.00000             -0.02764         *
* Nb        6      0.00000              0.00000              0.03392         *
*                                                                            *
******************************************************************************

*********** Symmetrised Stress Tensor ***********
*                                               *
*          Cartesian components (GPa)           *
* --------------------------------------------- *
*             x             y             z     *
*                                               *
*  x     -4.065663      0.000000      0.000000  *
*  y      0.000000     -4.065663      0.000000  *
*  z      0.000000      0.000000      0.306267  *
*                                               *
*  Pressure:    2.6084                          *
*                                               *
*************************************************

Pseudo atomic calculation performed for O 2s2 2p4

Converged in 23 iterations to a total energy of -428.2520 eV


Pseudo atomic calculation performed for Na 2s2 2p6 3s1

Converged in 21 iterations to a total energy of -1298.1443 eV


Pseudo atomic calculation performed for K 3s2 3p6 4s1

Converged in 23 iterations to a total energy of -777.4801 eV


Pseudo atomic calculation performed for Fe 3d6 4s2

Converged in 32 iterations to a total energy of -849.3473 eV


Pseudo atomic calculation performed for Nb 4s2 4p6 4d4 5s1

Converged in 21 iterations to a total energy of -1537.8413 eV

Charge spilling parameter for spin component 1 = 0.28%
Charge spilling parameter for spin component 2 = 0.28%
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默默的小虫

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把你的设置以及报错信息发出来,不然都不知道你是怎么算的,怎么知道你是哪里不合理的?

我猜测:
1,你的构型有问题,这样我就没办法了;
2,你调整smearing值以及截断能试试,这个小木虫里有很多相关的额帖子。
4楼2016-06-02 09:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

默默的小虫

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
anita55: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-06-04 09:00:54
我给你提供几种方法,你可以试试
1,提高截断能;2,减小smearing值;3,charge density mixing amplitude设置为0.1-0.2eV,同时将DIIS设置在6-8;

建议你优先考虑提高截断能(同时将Density mixing 设置为0.15eV)或降低smearing
8楼2016-06-03 10:37:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小雨熊

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by anita55 at 2016-06-03 09:26:31
我就是coarse精度优化也会失败的呀。。。...

这个可能是因为你结构不合理,原子偏离平衡位置太远了,所以一直在震荡,你试一下手动调低精度,或者,如果原子位置不好调节,那你试下改变abc的值,然后再优化看看

发自小木虫Android客户端
9楼2016-06-03 14:55:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

anita55

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 默默的小虫 at 2016-06-03 10:37:39
我给你提供几种方法,你可以试试
1,提高截断能;2,减小smearing值;3,charge density mixing amplitude设置为0.1-0.2eV,同时将DIIS设置在6-8;

建议你优先考虑提高截断能(同时将Density mixing 设置为0.15 ...

按照您的建议几何优化成功了,非常感谢,接下来可以继续提高截断能和k点是吗,density mixing的值是否需要改呢?
10楼2016-06-05 10:36:23
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普通回帖

anita55

银虫 (小有名气)

2楼2016-05-31 22:08:08
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anita55

银虫 (小有名气)

3楼2016-06-01 20:18:18
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小雨熊

木虫 (正式写手)

你可以试一下逐步优化,精度逐渐增加

发自小木虫Android客户端
5楼2016-06-02 15:19:17
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anita55

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 默默的小虫 at 2016-06-02 09:31:01
把你的设置以及报错信息发出来,不然都不知道你是怎么算的,怎么知道你是哪里不合理的?

我猜测:
1,你的构型有问题,这样我就没办法了;
2,你调整smearing值以及截断能试试,这个小木虫里有很多相关的额帖子 ...

感谢您的回复:
1.我就是觉得构型不应该有问题啊,因为同样的构型12.5%和50%两种浓度都可以成功,唯独中间浓度25%不行。如图,就是Fe取代b位铌。
几何结构优化时能量震荡,如何处理?-2
2.您的意思把截断能,smearing都调小一点吗?事实上我就是用的coarse精度,还需要调小吗?k点呢?

3.设置:
*********************** Exchange-Correlation Parameters ***********************
  
using functional                               : Local Density Approximation
Divergence correction                          : off
DFT+D: Semi-empirical dispersion correction    : off

************************* Pseudopotential Parameters **************************
  
pseudopotential representation                 : reciprocal space
<beta|phi> representation                      : reciprocal space

**************************** Basis Set Parameters *****************************
  
plane wave basis set cut-off                   :   280.0000   eV
size of standard grid                          :     1.5000
size of   fine   gmax                          :    12.8590   1/A
largest prime factor in FFT                    :          5
finite basis set correction                    : automatic
number of sample energies                      :          3
           sample  spacing                      :     5.0000   eV

**************************** Electronic Parameters ****************************
  
number of  electrons                           :  310.0   
net charge of system                           :  0.000   
net spin   of system                           :  10.00   
number of  up  spins                           :  160.0   
number of down spins                           :  150.0   
treating system as spin-polarized
number of bands                                :        193

********************* Electronic Minimization Parameters **********************
  
Method: Treating system as metallic with density mixing treatment of electrons,
         and number of  SD  steps               :          1
         and number of  CG  steps               :          4
  
total energy / atom convergence tol.           : 0.1000E-04   eV
eigen-energy convergence tolerance             : 0.1000E-05   eV
max force / atom convergence tol.              : ignored
convergence tolerance window                   :          3   cycles
max. number of SCF cycles                      :        100
number of fixed-spin iterations                :          6
smearing scheme                                : Gaussian
smearing width                                 : 0.1000       eV
Fermi energy convergence tolerance             : 0.1000E-06   eV
periodic dipole correction                     : NONE

************************** Density Mixing Parameters **************************
  
density-mixing scheme                          : Pulay
max. length of mixing history                  :         20
charge density mixing amplitude                : 0.5000   
   spin density mixing amplitude                :  2.000   
cut-off energy for mixing                      :  280.0       eV
charge density mixing g-vector                 :  1.500       1/A
   spin density mixing g-vector                 :  1.500       1/A

*********************** Population Analysis Parameters ************************
  
Population analysis with cutoff                :  3.000       A

********************** Geometry Optimization Parameters ***********************
  
optimization method                            : BFGS
variable cell method                           : fixed basis quality
max. number of steps                           :        100
estimated bulk modulus                         :  500.0       GPa
estimated <frequency>                          :  1668.       cm-1
geom line minimiser                            : on
with line minimiser tolerance                  :     0.4000
  with spin fully able to relax for all steps
total energy convergence tolerance             : 0.5000E-04   eV/atom
        max ionic |force| tolerance             : 0.1000       eV/A
max ionic |displacement| tolerance             : 0.5000E-02   A
   max |stress component| tolerance             : 0.2000       GPa
convergence tolerance window                   :          2   steps
backup results every                           :          5   steps

4.报错信息:
我试过两种,一种就直接失败了,不收敛:
*Warning* max. SCF cycles performed but system has not reached the groundstate.
  
Current total energy, E     =  -29833.17159871     eV
Current free energy (E-TS)  =  -29833.31934436     eV
(energies not corrected for finite basis set)

NB est. 0K energy (E-0.5TS)      =  -29833.24547154     eV

  ****************************************************************************
  Warning: electronic minimisation did not converge when finding ground state.
  ****************************************************************************

Writing model to Fe_25.check
Error in geom_get_forces - electronic_minimisation of current_cell failed
Current trace stack:
geom_get_forces
geom_BFGS
geometry_optimise
castep
Error in geom_get_forces - electronic_minimisation of current_cell failed
Current trace stack:
geom_get_forces
geom_BFGS
geometry_optimise
castep

还有一种是几何优化4项,3个no1个也yes:
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
| Parameter |      value      |    tolerance    |    units   | OK? | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
|  dE/ion   |   8.339837E-002 |   5.000000E-005 |         eV | No  | <-- BFGS
|  |F|max   |   1.288961E-001 |   1.000000E-001 |       eV/A | No  | <-- BFGS
|  |dR|max  |   6.082554E-004 |   5.000000E-003 |          A | Yes | <-- BFGS
|   Smax    |   4.065663E+000 |   2.000000E-001 |        GPa | No  | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
  
BFGS : WARNING - Geometry optimization failed to converge after        100 steps

BFGS : Final Enthalpy     = -2.98380067E+004 eV
BFGS : Final <frequency>  =    7075.84270 cm-1
BFGS : Final bulk modulus unchanged from initial value
  
  **********************************************************
  *** There were at least     1 warnings during this run ***
  *** => please check the whole of this file carefully!  ***
  **********************************************************
6楼2016-06-03 09:25:36
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anita55

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-06-02 15:19:17
你可以试一下逐步优化,精度逐渐增加

我就是coarse精度优化也会失败的呀。。。
7楼2016-06-03 09:26:31
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