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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请大牛来帮我看看这个实验如何走？RNA-seq，真菌。
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shucanwei

木虫 (正式写手)

[求助] 请大牛来帮我看看这个实验如何走？RNA-seq，真菌。 已有2人参与

各位大牛：
我想请问一下，我做的物种是非模式丝状真菌，该物种细胞有8个核，目前我们对其进行基因沉默（遗传转化）还没有成功过，更别说基因敲除，即无法获得突变体。
如这种情况，我们对该物种的真菌发育感兴趣，发育过程比较特殊，假如我们想对不同生育阶段进行转录组测序（基因组已经公布），就算获得了差异表达基因，也没有办法进行基因功能验证（RNAi）。
像这样的话，转录组数据的结果是不是就难发文章了？大家觉得可以做一些什么分析呢？或者有什么好建议？
谢谢
@biostar2009@wizardfan@youlinglyw
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
1楼 2016-05-28 00:34:19
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dhs222

新虫 (小有名气)
可以用代谢组学做验证啊

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2楼2016-05-28 15:53:57
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dhs222

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shucanwei at 2016-05-28 21:17:24
可好说细一些呢？
不同真菌样品的代谢组测序结果重复性好吗？...

还好吧，要不你留点信息，我加你详细聊吧

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4楼2016-05-29 10:18:41
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by shucanwei at 2016-06-02 11:18:57
请问老师，表型组学可以不用做遗传转化获得突变体吗？可否提提思路，谢谢...

表型组学是正向遗传学思路，先确定表型性状，即性状差异，再与基因型关联，即找出导致性状改变的基因变化。
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11楼2016-06-03 06:13:10
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gaoruijie89

铁虫 (小有名气)
如何测定该物种细胞是8核的呢？

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爱拼才会赢
14楼2016-06-22 14:01:00
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普通回帖

shucanwei

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dhs222 at 2016-05-28 15:53:57
可以用代谢组学做验证啊

可好说细一些呢？
不同真菌样品的代谢组测序结果重复性好吗？
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
3楼2016-05-28 21:17:24
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shucanwei

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dhs222 at 2016-05-29 10:18:41
还好吧，要不你留点信息，我加你详细聊吧
...

谢谢，已经发站内消息，请查收。
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
5楼2016-05-30 09:26:51
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易科学

新虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
6楼2016-05-30 14:38:14
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
shucanwei: 金币+1, ★有帮助 2016-06-01 23:02:58
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰·手有余香，谢谢你的理解与支持。myprayer祝您科研顺利，文章多多。 2016-06-05 18:49:05
上去就做转录组哇？请看看转录组是干什么的，也确定一下你们想要干什么。或就是为了发~~~~~
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7楼2016-06-01 05:35:05
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shucanwei

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by exon2002 at 2016-06-01 05:35:05
上去就做转录组哇？请看看转录组是干什么的，也确定一下你们想要干什么。或就是为了发~~~~~

就是想从转录组找出与表型（发育）有关的关键基因

发自小木虫Android客户端
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
8楼2016-06-01 23:02:34
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
shucanwei: 金币+5, ★有帮助 2016-06-02 09:18:20
引用回帖:
8楼: Originally posted by shucanwei at 2016-06-02 01:02:34
就是想从转录组找出与表型（发育）有关的关键基因
...

做表型组学（phenomics）喽！
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9楼2016-06-02 05:58:46
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shucanwei

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by exon2002 at 2016-06-02 05:58:46
做表型组学（phenomics）喽！...

请问老师，表型组学可以不用做遗传转化获得突变体吗？可否提提思路，谢谢
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
10楼2016-06-02 09:18:57
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