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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 坐标转换
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)

[求助] 坐标转换 已有2人参与

从MS转换出lammps的data文件，我知道可以使用msi2lmp等工具。那么，相反的，如何从lammps里输出坐标到MS里呢？有没有详细点的步骤教程。谢谢～
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1楼 2016-05-27 09:18:16
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)
同求啊
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每个人只能陪你走一段路程
2楼2016-05-27 15:01:53
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我感觉转为xyz格式后就能用ms打开了吧
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3楼2016-05-27 17:01:15
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by abinitio at 2016-05-27 17:01:15
我感觉转为xyz格式后就能用ms打开了吧

xyz格式会不会丢失晶胞的信息呢？还是cfg格式好点？
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4楼2016-05-28 09:12:04
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MS_Z

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-05-28 09:12:04
xyz格式会不会丢失晶胞的信息呢？还是cfg格式好点？...

xyz只输出原子坐标 确实会丢失晶胞信息 不过如果不是特别的晶胞在MS里面操作自动识别问题应该也不大吧

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5楼2016-05-29 02:12:29
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MS_Z

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
lammps的结果可以用lammpstrj（轨迹文件形式输出）把对应时刻的轨迹 里面的原子位置以xyz形式写成文件 就可以用MS直接导入了

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6楼2016-05-29 02:15:47
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-05-28 09:12:04
xyz格式会不会丢失晶胞的信息呢？还是cfg格式好点？...

嗯。是有这种可能，主要是我做无机金属的习惯了，不太考虑成键方向的内容。你提醒的很对。
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7楼2016-05-30 10:26:58
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by MS_Z at 2016-05-29 02:12:29
xyz只输出原子坐标 确实会丢失晶胞信息 不过如果不是特别的晶胞在MS里面操作自动识别问题应该也不大吧
...

xyz格式应该是怎样的？可以给个模板吗
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8楼2016-06-01 16:00:17
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-06-01 16:00:17
xyz格式应该是怎样的？可以给个模板吗...

si 4096
1 1 x y z
2 1 x y z
....

试试，我记得是这种格式，不太保准，但差不多
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9楼2016-06-01 16:33:51
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MS_Z

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by abinitio at 2016-06-01 16:33:51
si 4096
1 1 x y z
2 1 x y z
....

试试，我记得是这种格式，不太保准，但差不多...

嗯 是的 第一个是元素名 第二个是个数 但如果是混合物呢？

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10楼2016-06-01 17:39:57
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