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Masterarbeit

新虫 (初入文坛)

[求助] md分子模拟 简化单位问题 已有2人参与

硕士毕业论文用mathematica自己编程进行md对金刚石分子模拟。使用了tersoff势函数。程序写了大部分了,现在需要化简单位。查了很多资料基本上都是讲了lj势能的单位化简。请问tersoff怎么简化单位以便计算。
还有tersoff对金刚石的势能参数在哪里能查到呢?我找了几篇论文看到了一个简单的参数表但是教授说不对。有没有具体的书籍能够查阅?
本人机械专业却选到了这么一个题目。希望研究分子模拟的大师们能多多指导。

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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
abinitio: 金币+5, 感谢应助 2016-05-30 10:21:38
这是我自己写分子动力学模拟程序时用的单位制,供参考:

/*----------------------------------------------------------------------------80
The units used in this program are as follows:
    (1) The basic units are chosen to be
        (A) Mechanics
            -- energy: eV (electron volt)
            -- length: A (Angstrom)
            -- mass: amu (atomic mass unit)
        (B) Thermodynamics
            -- temperature: K (Kelvin)
        (C) Electricity
            -- charge: e (elementary charge)
    (2) Some derived units are
        (A) Mechanics
            -- time: A amu^(1/2) eV^(-1/2) ~ 10 fs
            -- velocity: eV^(1/2) amu^(-1/2) ~ 0.1 A fs^(-1)
            -- acceleration: eV A^(-1) amu^(-1) ~ 0.01 A fs^(-2)
            -- force: eV A^(-1)
        (B) Thermodynamics
            Boltzmann constant: K_B ~ 0.8625 * 10^(-4) eV K^(-1)
        (C) Electricity
            --electrostatic constant: K_C = 1 / (4 * PI * epsilon_0)
                                          ~ 14.4 eV A e^(-2)
------------------------------------------------------------------------------*/

另外,

(1) 关于tersoff势的参数,在Tersoff的1989年的文章中就有。
不知你是否觉得Tersoff原来的参数不好?

(2)半年时间显然不能掌握第一性原理计算,入门都难。
6楼2016-05-28 15:14:20
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1. Cheong, W. & Zhang, L. Molecular dynamics simulation of phase transformations in silicon monocrystals due to nano-indentation. Nanotechnology 11, 173–180 (2000).
2楼2016-05-27 08:38:48
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Masterarbeit

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2016-05-27 08:38:48
1. Cheong, W. & Zhang, L. Molecular dynamics simulation of phase transformations in silicon monocrystals due to nano-indentation. Nanotechnology 11, 173–180 (2000).

abinition 你好。很感谢你每次有问题都你都热心的回复。

这个文档我之前找到过。我在编程过程中也使用的这个数据,但是教授说这个c在tersoff中的势能参数只适用于石墨结构,而金刚石的势能参数并不是这个。但是我查到的统统都是这个数据。

然后这篇论文中并没有讲到计算过程中单位的处理。因为原子物理量的数量级小,计算误差大,需要简化单位便于计算。然而长度 时间 力 温度 能量的单位应该如何统一。
在lj中有一个表格来计算。请问在tersoff中有没有类似的单位化简方法。

期待你的回复。谢谢。
md分子模拟 简化单位问题
捕获.PNG


md分子模拟 简化单位问题-1
捕获1.PNG

3楼2016-05-27 14:18:20
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abinitio

版主 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Masterarbeit at 2016-05-27 14:18:20
abinition 你好。很感谢你每次有问题都你都热心的回复。

这个文档我之前找到过。我在编程过程中也使用的这个数据,但是教授说这个c在tersoff中的势能参数只适用于石墨结构,而金刚石的势能参数并不是这个。但是 ...

我觉得这个势函数不应该仅针对于石墨结构,金刚石结构也同样适用。如果有异议,可以用金刚石结构跑下看看是否稳定,或看看晶格参数。我感觉应该没问题。至于单位简化,我没用过,不了解。

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4楼2016-05-27 15:35:44
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